《暫行規定》的適用範圍
《暫行規定》明確該文適用於上市公司與關聯方的關聯交易的會計處理，在上市公司範圍內執行，但並未明確在上市公司所屬納入合並範圍內的控股子公司是否參照執行。如果是上市公司母公司直接與關聯方發生與《暫行規定》有關的關聯交易，應按《暫行規定》處理。但若上市公司的控股子公司不執行《暫行規定》，則上市公司可以通過控股子公司實現《暫行規定》列舉的交易事項，即通過權益法間接計入關聯交易所實現的顯失公允價格部分的利潤，這樣對合並報表就產生了重大影響。從《暫行規定》出臺的背景分析，其目的是防止上市公司利用與控股股東或其他關聯方之間的交易操縱利潤，因此筆者認為《暫行規定》適用範圍應包括上市公司母公司和納入合並會計報表範圍內的控股子公司。否則在編制上市公司合並會計報表時應按《暫行規定》對子公司會計報表重新厘定後再予以合並。
上市公司納入合並範圍內的
子公司之間及母子公司之間的
關聯交易形成的差價核算
《暫行規定》未明確納入合並範圍的子公司之間及母子公司之間的關聯交易形成的差價核算，實務中有兩種做法：
1.對該部分交易形成的關聯交易差價不按《暫行規定》核算，按正常的出售資產核算。其理由是，《暫行規定》主要為防止上市公司與其控股股東及其關聯方之間（合並會計報表以外）的利潤轉移，但對納入合並會計報表範圍且絕對控股的子公司之間或母子公司的關聯交易形成的差價，從權益法計提投資收益和合並抵銷的角度分析影響不大。如A上市公司持有控股子公司B公司股權90%，2002年度A公司將生產的某產品以25，000元/噸的價格供應給B公司用於生產另壹產品，全年累計對B公司銷售1，000噸，假設B公司生產的產品當年已全部對外銷售，A公司產品對非關聯方的售價為20，000元/噸，則2002年度A公司關聯交易形成的差價為500萬元{（25，000－20，000）×1，000}，但由於該關聯交易按權益法計算的對B公司的投資收益減少450萬元（500萬×90%），故A公司母公司利潤總額實際因關聯交易形成的差價為50萬元（500萬元－450萬元）。從合並利潤表分析，因合並會計報表對母子公司的內部購銷作合並抵銷，對利潤總額無影響，對合並凈利潤影響也為50萬元（假設不考慮所得稅），即實際關聯交易形成的差價母公司通過權益法計提投資收益大部分又還原為母公司利潤，故為從簡處理，對合並會計報表範圍的關聯交易不按《暫行規定》核算。
2.對合並會計報表範圍內的關聯方交易形成的差價按《暫行規定》核算。因為作為規定在同壹企業對同壹事項不能有兩種處理方法，且當合並報表範圍內關聯交易的壹方是上市公司與其他關聯方***同投資設立的子公司，且持股比例基本相當而非絕對控股時，其對母公司的利潤影響就較大（如上市公司與其控股大股東分別持控股子公司股權比例為51%和49%），若不執行《暫行規定》同樣可以通過權益法操縱利潤。
筆者認為，從政策的統壹性和有利於真實反映上市公司（母公司）個別報表的財務狀況和經營成果考慮，上市公司納入合並範圍內的子公司之間及母子公司之間的關聯交易形成的差價應當按《暫行規定》核算。
顯失公允的交易價格部分
計入“資本公積”的稅收處理
根據《暫行規定》，對顯失公允的交易價格部分計入“資本公積——關聯交易差價”，但對商品銷售、出售資產、受托經營收取的收益等行為，按稅法有關規定對該部分計入“資本公積”的關聯交易差價應作計稅依據，相應計繳增值稅、消費稅、營業稅及附加稅費，同時應計繳企業所得稅。除增值稅系價外稅外，企業應計繳的消費稅、營業稅及稅費附加均系價內稅，《暫行規定》對計入資本公積關聯交易差價所涉及的相關稅費核算沒有明確。實務中對該部分應計繳的稅費大多計入利潤表中的“主營稅金及附加”、“其他業務利潤”、“所得稅”等科目，而計入資本公積關聯交易差價所涉及的相關稅費未作相應扣除。筆者認為，從配比原則考慮，計入“資本公積——關聯交易差價”所涉及的除銷售商品應計交的增值稅外其他相關稅費應在會計處理時作同口徑扣除，即：如同接受捐贈計入資本公積應為稅後凈額。而應計入資本公積金額=顯失公允價格的差價×{1－流轉稅率×（1＋附加稅費率）}×（1－所得稅率）。
如：2002年度A上市公司將生產的某產品以25，000元/噸的價格銷售給關聯方B公司，全年累計對B公司銷售該產品1，000噸，A公司該產品對非關聯方的售價為20，000元/噸，本年度對非關聯方的銷售量占該商品總銷售量的30%，則2002年度A公司關聯交易形成的差價為500萬元{（25，000－20，000）×1，000}，若該產品為應計消費稅產品，消費稅率為30%，企業所得稅率為33%（不考慮城建稅等附加稅費）。則A公司因向關聯方銷售超過公允的交易價格部分實際凈收益=500萬×（1－30%）×（1－33%）=234.5萬元。即該項關聯交易應計入資本公積為234.5萬元。會計分錄如下：
借：銀行存款、應收賬款29，250萬元
貸：主營業務收入24，765.5萬元
借：應交稅金－增值稅（銷項稅）
4，250萬元（25，000×17%）
貸：資本公積－關聯交易差價
234.5萬元
向關聯方委托貸款業務的處理
《暫行規定》明確上市公司的關聯方以支付資金使用費的形式占用上市公司的資金，在符合收入確認條件的前提下，上市公司應於取得資金使用費時，沖減當期財務費用；如果取得的資金使用費超過按1年期銀行存款利率計算的金額，應將相當於按1年期銀行存款利率計算的部分，沖減當期財務費用，超過按1年期銀行存款利率計算的部分，計入資本公積。若上市公司通過商業銀行或控股股東的財務公司將資金委托貸款給控股股東或其他關聯方，委貸利率為銀行同期貸款利率，在這種情況下，上市公司收到的委托貸款利息收入如何核算，《暫行規定》並未明確。委托貸款業務是指由委托人申請，委托人將自主支配的來源合法的資金委托受托金融機構向委托人指定的借款人發放委托貸款，委托人在指定發放委托貸款時，自行對借款人的擔保合法性和可靠性進行審查，並承擔相關的責任，委托人對發放的委托貸款自行承擔委托貸款風險，與受托金融機構無關。因此，筆者認為，從《暫行規定》的初衷分析，上市公司委托金融機構向關聯方發放委托貸款業務同樣應執行《暫行規定》。
上市公司向關聯方采購資產或占用關聯方資金的處理
《暫行規定》對上市公司向關聯方出售資產、由關聯方承擔債務、承擔費用、委托受托經營、收取資金占用費等方面作了規定，但上市公司通過向關聯方低價采購或無償占用關聯方資金同樣可以達到操縱利潤的目的。如由關聯方出面向金融機構借款，然後將資金轉入上市公司無償使用，而借款利息由金融機構按借款合同向關聯方收取。根據《暫行規定》第四條“由關聯方承擔費用的會計處理”：關聯方之間壹方為另壹方承擔費用的（如母公司為其子公司承擔廣告費用等），如這些費用是被承擔方生產經營活動所必需的支出，應當反映在被承擔方的成本費用中。如果承擔方直接將承擔的費用支付給其他單位的，被承擔方應按承擔方實際支付的金額，計入資本公積。筆者認為，上市公司向關聯方采購資產或占用關聯方資金行為同樣應按《暫行規定》核算。