市和區人民政府臺灣事務主管部門負責臺灣同胞投資權益保護的組織、指導、管理、協調工作。
本市發展改革、經濟信息化、商務、教育、科技、公安、民政、財政、人力資源社會保障、規劃國土資源、衛生計生、稅務、工商行政、知識產權、住房和城鄉建設管理、金融服務、文廣影視等有關部門按照各自職責，***同做好臺灣同胞投資權益保護工作。第六條 臺灣同胞投資者的投資、投資收益和其他合法權益依法受到保護。臺灣同胞投資設立或者投資參股的公司、企業以及其他經濟組織（以下統稱臺灣同胞投資企業），依法享有經營管理的自主權。
任何機關或者單位不得對臺灣同胞投資企業進行法律、法規、規章規定之外的檢查，不得違反國家規定強制或者變相強制臺灣同胞投資企業參加各類培訓、評比、鑒定、考核活動，不得向其攤派或者另立收費項目、提高收費標準。
臺灣同胞投資企業應當依法開展生產經營活動，建立健全管理制度，開展誠信經營，承擔社會責任。第七條 依法設立的市臺灣同胞投資企業協會應當依照法律、法規和協會章程開展活動，加強會員與政府有關部門的聯系，為會員提供政府產業政策輔導、咨詢評估、教育培訓、開拓市場等服務，維護會員的投資權益。
市人民政府臺灣事務主管部門以及其他有關部門為市臺灣同胞投資企業協會提供指導和服務。第八條 市臺胞服務中心通過法律咨詢、政策咨詢、投訴和糾紛協調處理等方式，為臺灣同胞和臺灣同胞投資企業提供公***事務服務。第九條 本市建立統壹的臺灣同胞投資公***信息服務平臺，建立信息數據***享機制。商務、工商行政、公安出入境等相關部門應當向臺灣同胞投資公***信息服務平臺提供與臺灣同胞投資相關的信息數據資料。
臺灣同胞投資公***信息服務平臺應當為臺灣同胞和臺灣同胞投資企業提供各類信息和政策咨詢服務。第十條 本市依法登記設立的仲裁機構應當依據法律、法規和國際慣例，對臺灣同胞投資者與其他主體的合同爭議或者其他爭議進行仲裁。鼓勵本市仲裁機構設立涉臺仲裁服務窗口，為臺灣同胞投資者提供與仲裁相關的法律服務。
符合條件的臺灣同胞可以受聘為本市仲裁機構仲裁員。第十壹條 支持臺灣同胞投資設立金融機構、金融專業服務機構、融資性擔保機構、小額貸款公司。對臺灣同胞投資的金融機構分支機構改制成法人金融機構後註冊或者遷入本市的，以及在本市新註冊設立或者新遷入的金融機構總部，可以給予相關政策扶持。第十二條 臺灣同胞投資企業在本市設立地區總部的，按照有關規定，在資金管理、出入境管理、就業許可、人才引進等方面給予便利。第十三條 支持臺灣同胞投資企業參與本市科技創新中心建設。鼓勵臺灣同胞投資企業設立研發中心，參與研發公***服務平臺建設，承接政府科研項目，與相關單位聯合開展產業鏈核心技術攻關，並在科技成果轉化、創新創業人才激勵等方面給予相關政策扶持。第十四條 在中國（上海）自由貿易試驗區內鼓勵臺灣同胞投資金融服務、航運服務、商貿服務、專業服務、文化服務、社會服務以及先進制造業等領域。第十五條 引導和鼓勵臺灣同胞投資企業按照國家和本市創新轉型的戰略要求，加快實施產業的轉型升級，支持其中的傳統制造業企業開展產業結構調整、節能減排技術改造和清潔生產。支持臺灣同胞投資“專精特新”（專業化、精細化、特色化、新穎化）的中小企業，在能源供應等方面予以保障。
臺灣同胞投資企業可以按照有關規定利用其存量房屋和土地，興辦信息服務業、研發設計、創意產業等現代服務行業。