壹是農業專項資金種類多、渠道多。壹些基層財政無法準確界定是否應納入專項管理，導致除需要專項核算並納入檢查的外，大部分在鄉鎮財政總會計科目中進行明細核算，無法區分各類專項資金的用途。
二是騙取上級專項補助資金。壹些基層項目單位虛假編發精美的項目申報材料，再通過層層聯系騙取上級專項補助資金。某鎮高效設施農業基地建設項目，申報面積200畝。在項目申報材料中，92戶農戶土地流轉合同編制不實，實際種植面積不足80畝。但在階段性驗收和撥款中，經理“擺平”了相關人員，使28萬元專項補助資金從省裏順利騙到鎮裏，直至項目經理。
三是存在專項資金被挪用的現象。基層普遍認為，誰能爭取到上級資金，誰就有能力。至於贏來的資金是否專款專用，那是另壹回事，只要不進個人腰包，壹切都沒問題。所以出現了挪用專項資金的現象，有的把暫時不用的資金借出去，有的拼命把錢花在項目上，還包括招待費、差旅費、獎金等。在專項基金裏。還有的用專項資金先墊付急事，造成專項資金有賬沒錢的現象。
四是專項資金財務管理不規範。有些地方的專項資金支出憑證是違規的，比如房屋維修、道路建設、橋梁建設、城市開發、公園建設，白條很多。有的直接用收據將上級財政下撥的專項資金歸集到下壹級財政賬戶上。
五是專項資金使用中的工程招投標不規範。由於地方既得利益的影響，壹些大型項目雖然也組織招投標，但往往只是走過場，有的甚至有地方政府直接指定的地方單位進行施工。這不利於市場競爭機制，工程質量難以得到保證。
分析以上問題，主要原因如下:壹是農業專項資金要專款專用的意識不強。二是專項資金內控制度不健全。有的單位用專項資金提高職工福利，導致公款使用超標，多數用專項資金彌補不足。有的“壹支筆”說了算。由於資金調度和分配權力過於集中，缺乏內控制度，難免出現偏差。三是專項資金預算編制不合理、不嚴謹。四是專項資金監管薄弱，處罰手段單壹。由於專項資金涉及部門較多，財政、審計等財政資金監管部門力量有限，難以充分兼顧專項資金的監管，相關制度中處罰手段單壹。
要按照“依法理財、科學理財、民主理財”的要求，建立比較完善的財政專項資金管理新機制，從制度上解決農業專項資金管理和使用中的痼疾，全面加強農業專項資金監管。
建立精細化管理機制，對資本運營進行全過程監管。財政部門要把加強農業專項資金管理作為財政監管的重點，根據財政管理現狀和農業專項資金的特點，確定重點農業專項資金，將重點專項資金分為專款專用、經常性專項資金和建設性專項資金三類，對各類資金提出相應的監管意見，逐項建立健全具體管理辦法。
建立民主決策機制，確保項目決策公正透明。首先，農業專項資金的投入要重點保證民生、穩定和重點支出。其次，項目審批和支出預算報告必須組織專家論證評估，進行量化打分，實行滾動項目庫管理，杜絕行政部門“關起門來”的現象，提高項目決策的科學化水平。三是項目認定必須由相關行政部門領導班子集體研究決定，避免“壹言堂”現象。
建立績效考核機制，進壹步夯實農業專項資金監管基礎。壹是各涉農部門年底必須開展重點農業專項資金項目績效評價，績效評價報告報送市縣政府。二是市縣財政部門組織專家對評估報告進行抽查，評估結果將作為政府今後年度項目立項和預算安排以及幹部考核任免的重要參考。三是農業重點專項資金項目必須單獨設立、獨立核算，項目完成後必須進行財務決算審計。四是監察、審計、財政等部門要聯合對重點農業專項資金使用情況進行監督檢查，建立嚴格的責任追究制度，強化法律、制度和紀律的嚴肅性和權威性，進壹步完善財政監管手段，夯實財政專項資金監管基礎。