第二，涉及的法律關系和合同主體不同。前者是銀行與企業之間的借款關系(借款合同)，擔保公司與企業之間的委托擔保與委托擔保關系(委托擔保合同)與反擔保關系(反擔保合同)，擔保公司與銀行之間的擔保關系(擔保合同)。後者是擔保公司與企業(個人)的關系，主合同是借款合同，從合同是擔保合同和抵押擔保合同。
第三，業務來源不同。前者各有發展，很大壹部分是銀行推薦的有貸款需求的企業；後者基本上要發展自己的事業。
第四，風險控制的重點不同。前者主要考察貸款企業的企業經營情況，包括企業的資產、財務狀況和資金流動情況，重點是對企業財務報表的分析；後者主要考察企業資金使用的可行性、項目背景和短期還款能力，直接監控企業使用的資金流向，重點控制支付風險。
第五，反擔保和擔保措施的靈活性。前壹種融資擔保，畢竟企業獲得的是銀行貸款，至少在成立時間、信用能力、擔保措施上是有保證的，所以擔保公司提出的反擔保措施比較簡單，種類也比較單壹。壹般是企業負責人的個人連帶責任保證或保證金，機器設備抵押登記最多可以；而後者資金借貸的對象往往是其無法滿足銀行貸款條件，且所能提供的擔保措施相對較弱，因此轉向民間借貸。因此，能夠提供給擔保公司的擔保措施往往存在很多缺陷，這就需要擔保公司靈活組合這些擔保措施來降低自身的風險。不動產公證、股權質押、承兌匯票賬戶監管、長期租賃權等創造性擔保措施壹應俱全。
第六，監控貸款的側重點不同。融資性擔保公司不僅註重貸前調查，還註重貸後不定期檢查，因為企業的經營性貸款壹般是1到2年，周期比較長，所以非常註重對企業的長期跟蹤，貸後檢查成本高；貸款業務更註重貸前的盡職調查，因為貸款期限短，利息高。壹般貸款後，企業會盡早償還本金，貸後不會具體跟進，所以貸後檢查成本低。