1，理論假設的差異
(1)對需求理解的差異。小額信貸理論認為，農村經濟的發展不僅需要信貸資金，還需要適合農民需求的金融體系和配套的金融工具。在這種信貸制度安排下，貸款可以自動瞄準中低收入階層，可以為農戶提供小額無抵押的資金，因為農戶經營規模小，沒有抵押物。商業銀行信貸隱含的假設是，借款人缺的只是資金，資金以外的其他服務都是借款人自己的事，由借款人自己解決。
②信用和風險意識的差異。小額信貸理論對農戶信用和風險的認識主要有三點:第壹，農業社區的信用維護機制是有效的。由於農戶缺乏有效的財產作為抵押，貸款只能建立在農戶信用的基礎上，而且大部分農戶處於壹個相對封閉的農業社區，社區的構成極其固定，農戶之間的信息相對對稱，信息傳遞迅速。即使出現拖欠債務或惡意逃廢債務的現象，也很容易被發現，並會為此付出極其昂貴的代價(如被周圍人鄙視，無法獲得下壹筆貸款)，所以農戶的信用總體良好。第二，農民還款有雙重保障。雖然農戶以戶主為借款人，但債權債務關系決定了信用社與農戶的關系。壹旦戶主出事，其他家庭成員應繼續承擔還貸義務。第三，農戶和小額信貸機構之間的信息不對稱程度相對較輕。小額信貸機構壹般深入農村，對農戶的信用狀況和生產經營情況比較了解。農民基本沒有商業秘密，所以農民違約的機會比較少。另壹方面，商業銀行信貸認為借款人惡意逃廢債務的概率較高，借款人與銀行之間存在較深的信息不對稱。因此，它認為每壹筆貸款都有不可預測的信用風險，大多數情況下都要求借款人提供擔保或抵押物。
2.系統設計的差異
①目標群體的差異。農戶小額貸款針對具有壹定經濟活動能力的中低收入農戶，是自然人貸款；商業銀行遵循“擇優貸款對象”的原則，把業績好、償債能力強的企業和個人作為首選，其中企業貸款占主要份額。
②貸款擔保條件和操作程序的差異。貸款擔保條件的差異。小額信貸是壹種無抵押的貸款方式，貸款完全依靠農戶的信用。通常采用集團合資或強制儲蓄來代替抵押擔保。商業銀行的貸款擔保條件比小額貸款更加充分，包括擔保貸款和票據貼現貸款，其中擔保貸款根據還款擔保的不同可分為抵押貸款、質押貸款和保證貸款。貸款操作程序的差異。小額貸款的貸款手續比較簡單，不需要提交各種書面材料。比如印度的個體戶婦女協會銀行，只要求申請人填寫紙質申請表，貸款審批手續壹般在壹周內完成；多米尼加的ADOPEM壹般需要9天完成放款流程；印尼人民銀行的小額貸款申請流程最長需要兩周，再借款人只需要三天；孟加拉鄉村銀行申請和發放貸款壹般需要1-2周。我國的基本程序是:為農戶建立貸款檔案——評估農戶信用等級——發放貸款證明——獲得貸款。
商業銀行的貸款程序是其內部控制的重要組成部分。所有銀行都規定貸款必須嚴格按照壹定的程序執行，所以貸款程序比較復雜。這些步驟主要包括:貸款申請、貸款調查、信用評估、貸款審查、貸款談判、貸後檢查和貸款回收。
③貸款金額、期限、還款方式的差異。小額信貸的貸款額比商業信貸小得多。小額貸款采用連續滾動放貸，鼓勵還款。貸款輪次越多，貸款金額越大。我國農戶小額信貸的貸款額度從1000元到2000元到幾萬元不等，采取壹次性審批、隨借隨用、余額控制、周轉使用的管理方式。商業銀行根據不同的客戶采取不同的貸款額度，但總體來看，貸款額度遠大於小額信用貸款。小額貸款的貸款周期可分為固定周期和靈活周期，還款頻率壹般也可分為固定還款和靈活還款，而商業銀行貸款壹般是到期壹次性還清。
④利率差異。利率水平是小額信貸成功的關鍵因素之壹。世界上成功小額信貸的存貸款利差高達8%-15%，資金成本低除外。根據我國規定，農戶小額信用貸款利率可根據中國人民銀行公布的基準利率和浮動區間適當優惠，利率的確定相對簡單，實行“壹視同仁”的利率政策；商業銀行的信貸利率取決於市場供求、中央銀行的貨幣政策、貸款對象和貸款期限等。它是壹種靈活的、市場化的、差異化的利率，利率水平與受托人的信用等級掛鉤。
3.風險防範措施的差異
小額信貸主要采取三種風險防範措施:提供配套服務(如培訓、技術、信息等。)提高農民投資項目的成功率；采取分期還款的方式；采取聯保制度，利用社會壓力督促農戶積極還貸。商業銀行面臨的信用風險比小額信貸復雜得多，因此風險管理手段也先進得多。現代商業銀行在長期的實踐中，逐漸形成了較為成熟的信用評分模型、信用風險模型和信用風險管理理論與手段，如早期的線性概率模型和線性判別模型，發展為信用矩陣法、信用風險可加過程等更加復雜、精確的數學模型。信用風險管理也有壹套嚴格的程序，壹般包括決策過程、跟進行動和監督報告過程。
4.績效評估的差異
農戶小額信貸包括兩個基本含義:壹是為傳統金融無法覆蓋的有生產能力的貧困農戶提供資金；二是確保小額信貸機構的生存和發展，使其在財務上自立，這也是小額信貸項目追求的兩個基本戰略目標。因此，對小額信貸績效的評價也是對上述兩個因素的綜合研究。
商業銀行信貸的最終目標是股東利益最大化，因此商業銀行信貸的績效評價主要圍繞其盈利能力和綜合盈利能力。前者考察銀行的相關財務比率指標，主要分為四類:盈利比率、流動性比率、風險比率、償付能力和安全比率；後者采用綜合分析的方法，結合銀行的盈利能力和風險狀況來評價銀行的績效。