在第壹次保護工程中，打入了2300多根錨桿，改變了山體中部分水流的方向，導致部分石窟水毀較為嚴重，最嚴重的有94窟、191窟等。麥積山石窟藝術研究院對這些嚴重受損的石窟壁畫實施了搶救性保護措施。
2006年，麥積山石窟壁畫的臨摹已經進行了10年。
2006年，第74窟的修復工作基本完成。研究人員小心翼翼地將幾種原料制成的泥巴粘在棚子壁畫的邊緣，並小心翼翼地在大的破損部分用麻和泥巴填滿。
2006年6月5438+065438+10月，麥積山石窟藝術研究院和鐵道部第壹勘測設計院籌資100多萬元，麥積山二期防滲工程采用現代化手段基本完成。除了對山頂的徽記裂縫進行防滲灌漿外，還在石窟的崖壁處采用了引水的方法，最終控制了石窟內的滲漏，有效地保護了石窟的造像和壁畫。
2005年，由世界銀行東亞及太平洋地區城市發展局Mara Warwick博士率領的世界銀行甘肅文化與自然遺產保護項目17人鑒定小組來甘肅對甘肅省項目辦提出的甘肅文化與自然遺產保護初選項目進行了為期11天的考察鑒定工作，麥積山在此次考察行程中。
2006年，時隔壹年，麥積山風景區成為世界銀行貸款甘肅文化和自然遺產保護項目的核心和重要組成部分。項目固定資產投資達到6543.8+540億元，其中世界銀行貸款8800萬元。該項目的文化遺產保護工程無疑加強了對現有北魏至明清時期建築、洞穴、雕塑、壁畫的保護，如麥基山景區的羅漢崖、仙人崖景區的西崖、階梯洞、玉皇頂、南崖、石門景區等，並對部分瀕危建築和建築壁畫進行維修處理，還將對部分具有較高景觀價值的古建築進行修復。此外，項目還將投資1081萬元，進壹步完善文物保護的安防及監控設施。
2007年3月，世界銀行專家對甘肅文化和自然遺產保護與開發子項目和麥積山風景區項目進行了預評估。評估通過後，將啟動投資1億元的麥積山景區文化遺產保護工程。到2007年6月底，該項目的準備工作將完成。