《實施辦法》指出，森林資源管護支出用於天然林保護管護和森林生態效益補償，主要用於國有和非國有地方公益林、采伐停止後的天然商品林、國家公益林和符合國家公益林區劃要求、政策到期的上壹輪退耕還林等森林資源的保護管護，以及對非國有國家公益林所有者的經濟補償。
土地綠化支出用於林木種子培育、造林和森林撫育。林木種子培育支出用於支持國家重點林木種子基地造林樹種和無性繁殖材料繁育，支持國家林木種質資源庫開展造林樹種、重要鄉土樹種和珍稀瀕危樹種的林木種質資源調查、收集和保存，為選種提供遺傳材料；支持采用先進技術培育造林樹種的良種苗木。
造林支出用於支持荒山荒地、沙荒地、有林地和低產低效林地等人工造林和更新改造。，並根據喬木林、低效林、竹林、木本油料等不同情況，在省級層面確定補貼標準。各地要以獎代補、先發後補、貸款貼息等方式，鼓勵和引導社會主體參與大規模國土綠化建設。
森林撫育支出用於支持中幼林的疏伐、間伐、生長采伐、衛生采伐、補植、退化森林恢復、采伐、灌溉和除草等。短輪伐期工業原料林、未開墾造林地和國家壹級公益林不納入扶持範圍。
國家級自然保護區的支出用於生態保護補償、受損棲息地恢復與管理、專項救援、物種保護、保護設施設備購置與維護、專項調查與監測、宣傳教育、科研培訓、保護管理機構聘請臨時管理人員所需的勞務費用等。
根據《實施辦法》，濕地等生態保護支出用於濕地保護與修復、林業防災減災、國家重點野生動物保護(不含國家公園內國家重點野生動物保護)、林業科技推廣與示範。
濕地保護與修復支出用於支持濕地保護與修復、退耕還濕和濕地生態效益補償。林業防災減災支出用於森林防火、森林病蟲害防治、林業生產救災等。國家重點保護野生動植物保護支出，用於支持國家重點保護野生動物的接收、搶救、繁殖和放歸自然等搶救保護措施。林業科技推廣示範支出用於支持先進實用技術和標準在林業和草原生態建設及產業發展中的應用和示範，用於建設與科技推廣示範項目相關的簡易基礎設施、購置必要的專用物資和小型儀器設備、技術培訓、技術咨詢等支出。
此外，《實施辦法》還規定了資金分配。森林資源管護根據當地任務量和補助標準確定補助規模，省級管護費根據支出內容和任務量確定補助規模。國土綠化應當根據林木種子培育、造林和森林撫育的任務量和補助標準確定補助規模。國家級自然保護區、濕地等生態保護按照相應的支出內容和任務確定補助規模。