二是財務審計與基建審計並重。隨著高校規模的擴大，越來越多的高校選擇建設新校區或加大基建規模和力度，高校從銀行獲得大量貸款進行建設，有些高校貸款甚至達到10億以上。同時，國家對高校生均公用經費的補助力度越來越大，近兩年生均公用經費幾乎翻番。這些資金運用的如何，資金是否能安全合規效益的服務高校發展，是近幾年高校審計關註的重點之壹。如針對壹些高校貸款余額較多，償債壓力較大的情況，寫出專報上報省政府，引起巨大反響；針對基建程序和造價中的部分問題，提出審計建議，得到被審高校的重視。
三是依法審計、客觀公正。國家的資金是否安全使用，稅收是否足額上交；學校的利益是否被其他部門和個人侵害；學校是否對學生超標準、無依據收費，獎助學金是否足額及時發放，這些都是每次高校審計的重點之壹。高校審計站在公平公正的立場，確保任何壹方的合法利益不受非法侵害，保證國家財經法紀在高校的貫徹實施。近幾年通過審計，查補了壹批高校漏繳的稅收、促進某高校外借資金3335萬元在審計期間收回，逐步規範了高校的收費和獎助學金發放，目前查出的收費和獎學金存在的問題已經逐年減少。
四是以促進規範發展為主，處理處罰為輔。“監督體現服務、制約體現促進”的河南審計理念壹直是高校審計的重要基本原則。對審計中發現的不合規不規範問題，以國家法律法規為準則，以促進高校事業發展為目的，區別對待和處理。對於壹般性財務不規範問題，予以糾正，促進學校發展；對於侵害學生利益行為，堅決要求停止，並要求對學生給予補償；對於單位或個人涉及重大違規或犯罪行為，審計查清後移送相關部門。如在2010年審計某高校期間，幫助該學校追回經費2600余萬，被多家媒體和網站報道；2年來在高校審計期間向有關部門移送案件線索8起，已全部被查清落實。