除通過以上提到的審計思路和內容，核實貸款的真實性、完整性、合法性外，在對商業銀行貸款進行審計時，還應從每筆貸款的管理入手，重點關註以下幾個方面：
（1）在審計正常貸款獲取並審閱其余額積數表時，審計人員應關註重復出現的借款人及相關聯的借款人。為完成某些經濟指標或出於種種目的，有些商業銀行采用借新還舊形式，造成虛假還貸還息現象；有些商業銀行通過多次更換借據，將不良貸款從形式上變成正常貸款。
由於商業銀行貸款內控制度的制約，商業銀行對同壹貸款戶的貸款受金額的限制。為避開各種限制，有的商業銀行對同壹借款人采用分次形式發放貸款，或通過借款人的關聯企業分戶發放貸款。更有甚者為了獲取貸款，弄虛作假，利用虛假會計資料，應付銀行內控制度的要求，這些做法，不僅違反了商業銀行內部控制和國家的有關規定，而且嚴重影響信貸資產的質量，甚至導致道德風險的發生，因此，審計人員在對正常貸款進行審計時，應高度重視重復出現的借款人和與其相關聯的借款人，除獲取並審閱其相關法律性文件外，還應采取延伸相關單位，通過對工商、稅務、法院、以及會計師事務所等中介機構進行詢問、調查等形式了解情況，取得證據，從而發現正常貸款中存在的風險和違法違紀問題。
（2）重點關註損失貸款的金額、結構以及形成的原因和責任。查清確已流失、無望收回的損失貸款的金額；查清損失貸款造成的應收利息壞賬金額。對損失類貸款的審核，要延伸到貸款企業逐筆調查核實。重點核實企業經營狀況和還貸能力。要查明損失貸款形成的主要原因，區分銀行貸款管理不善責任、銀行人員以貸謀私責任、企業經營不善責任、企業故意逃廢債責任、政府決策失誤責任等不同情況，對損失數額較大的貸款，要追查落實責任人。確保銀行內控制度得到完善和改進。
（3）重點關註不良貸款，在查清不良貸款數量的基礎上，查清次級、可疑類不良貸款在各行業的分布結構及其所占比重。對形成不良貸款比重較高的行業，尤其是1999年以後發放的貸款形成不良的，通過調查了解和分析，總結其不良貸款形成的原因及盤活信貸資產的有效途徑，查處違法違紀問題。
（4）重點關註票據貼現、承兌匯票墊款、信用證墊款的金額和原因。從臺賬入手，可采用書面審閱、前後核對、口頭查詢、延伸審計等多種審計方法，審查票據法定要件和商品交易行為的真實性，揭示其中的違規貼現、騙貸行為。