基本建設投資主要用於:
1.水利灌溉工程、人畜飲水工程、10-35kV輸變電工程、小水電等改變農業基本生產條件和人民基本生活條件的工程；
2 .建設面向農業生產的基礎性和關鍵性農業技術推廣服務設施。
部分補貼費用主要用於:
1.“三田”(梯田、沙田、溝壩地)建設，植樹造林，小型水利工程和小流域治理工程，幫助群眾改善生產條件和生態環境。
2.簡易人畜飲水設施、移民補貼、智力開發等項目，支持群眾改善基本生活條件。
3.支持鄉鎮企業和農業科技推廣項目增加人民收入。第六條“三西專項資金”不得用於辦公樓、賓館、招待所、飯店、影劇院等非生產性項目和大型水利工程建設，也不得用於行政事業單位發放工資、獎金、福利和補充行政辦公經費。第三章規劃第七條年底前，甘肅、寧夏省區農業建設指揮部在國家確定的年度投資範圍內，編制下壹年度農業建設規劃(以下簡稱年度計劃)，報省、區計委和財政部門審批，經國務院扶貧開發領導小組、國家計委和財政部批準後實施。第八條各類基本建設項目，必須嚴格履行基本建設程序。進行項目可行性研究，編制計劃(設計)任務書，經批準後進行初步設計和概算。按照國家規定的審批權限，經審批後才能列入年度計劃。第九條年度計劃壹經批準，各有關單位應當嚴格執行。省、區財政和建設銀行應按年度計劃監督撥付，凡未經批準的建設項目不得撥付資金。計劃執行中，需要調整的建設項目投資，應按程序報原項目審批部門審批。省、區計劃委員會應將批準的年度計劃納入國民經濟計劃。省、區農業建設指揮部應按批準的年度計劃組織實施。第四章資金管理第十條有關部門要明確職責，相互配合，加強對“西部三地專項資金”使用的管理。農業建設部門負責編制年度計劃，組織實施經批準的建設項目年度計劃，上報農業建設年度報告；財政部門負責編制補貼預算，並根據批準的年度計劃監督撥款；建設銀行負責為批準的基本建設項目監督和分配資金。第十壹條基本建設投資，由省、區建設銀行按照隸屬關系和基本建設程序監督分配。
補貼費用的壹部分，由財政部門根據批準的計劃撥付到地、縣財政局或省農建指揮部，由地、縣財政局或省農建指揮部逐級撥付到建設單位。年終決算由地、縣財政局或省農建指揮部編制，報省、區財政部門審批。省、區財政部門應當按照國家預算管理的規定編制匯總決算，並及時報財政部審批。第十二條“三西專項資金”必須保證及時撥付，專款專用，不得截留或挪用。
當年資金結余可結轉下壹年度繼續使用。
為了保證在建項目的連續性，可以在去年第四季度提前預撥壹部分資金用於明年的投資。第十三條有條件的基本建設項目，可以實行招標投標制度。施工單位負責招標並與中標單位簽訂施工合同。建設銀行應根據工程進度監督撥款。
加強在建項目管理，完善財務制度。項目竣工時，應認真編制竣工決算，由農建部門組織建設銀行、財政等有關部門進行驗收。第十四條各級財政部門應加強對“西部三項專項資金”的監督管理，積極參與項目審批，並組織有關部門會同農業建設部門對資金使用情況進行檢查和審計。表彰堅持原則、勤儉節約、投資效益好的單位和個人；發現違反財經紀律或合同要求，造成資金浪費的，要停止撥款或借款，並追究有關負責人的責任，嚴肅查處並及時糾正。