組織協調局的日常工作；負責文電、會議、督查、信息、文件檔案、機要、安全、年鑒、辦公自動化、新聞宣傳、安全保衛、車輛管理和後勤服務。
㈡人事科
負責機關及直屬事業單位的人事管理、機構編制、教育培訓工作；制定全縣衛生人才發展規劃和政策並組織實施；組織和指導衛生專業技術崗位培訓；指導本縣繼續醫學教育，承擔組織實施本行業繼續醫學教育和畢業後醫學教育；負責機關及直屬事業單位退休人員的管理和服務工作；負責機關及直屬事業單位的計劃生育工作；負責本單位的戶籍管理；組織衛生行業精神文明建設；負責幹部的醫療保健；負責局機關和直屬單位的黨群工作。
(3)財務科
制定全縣衛生發展規劃和年度計劃，監督管理醫療收費標準；制定衛生財務管理規章制度；負責國家金融法律法規的宣傳、實施和監督；負責組織制定衛生財務、審計、統計、設備、基建等管理工作的實施辦法；負責系統內的財務管理、審計和監督；負責局機關國有資產的管理；負責編制財務報表、衛生年報、醫療衛生統計等。；負責醫療衛生單位購置大型醫用設備和貸款項目的審批；指導基層衛生體系建設。
(4)業務部門
負責醫療機構醫療服務的全行業監督管理；承擔實施執業醫師和護士資格制度的相關工作；協調處理醫療糾紛；依法監督管理臨床用血質量；負責衛生應急工作；負責食品安全綜合協調，依法組織重大食品安全事故的調查處理。執行衛生法律、法規和標準；負責衛生行政復議、行政訴訟和行政執法；承擔職業、輻射、環境和學校衛生的監督管理；承擔公共場所、飲用水和消毒產品的衛生安全監督管理；負責醫療廣告的審查；承擔傳染病防治監督和醫療市場監督管理工作，整頓和規範醫療服務市場秩序，查處重大醫療衛生違法行為。負責農村衛生管理、初級衛生保健和防疫、婦女兒童等社會衛生工作；配合有關部門對計劃生育技術服務工作進行監督和指導；指導社區衛生服務體系建設；負責新型農村合作醫療的綜合管理。負責疾病預防和控制；負責組織實施國家基本藥物制度；負責全縣的中醫藥工作；負責縣級愛國衛生運動委員會的日常工作。
(5)紅十字會辦公室
開展備災救災工作；依法組織開展捐贈活動；在人道主義領域開展社會福利服務活動和初級保健培訓；開展造血幹細胞捐獻的宣傳、動員和組織工作；組織紅十字青少年活動；組織誌願者開展社會服務和社區紅十字服務；積極參與“新型農村合作醫療”工作；開展預防艾滋病的宣傳教育；開展無償獻血的宣傳和推廣；做好遺體(器官)捐獻的宣傳、登記和日常管理工作。
(6)衛生執法辦公室
主要負責監督檢查衛生法律法規的執行情況，保證執行。
(7)藥品招標辦公室
主要負責藥品的招標采購，從而規範醫療藥品采購行為，保證藥品質量，降低采購成本。
(八)新農合管理辦公室。
制定本縣新型農村合作醫療制度的規劃和相關規定；制定新型農村合作醫療資金管理和使用的各項規章制度；定期指導和監督鄉鎮定點醫療機構和新型農村合作醫療工作。