中心內部設置5個科。分別是：綜合科、管理科、貸款科、財會科、監督檢查科。
綜合科：
職責：1、協助中心領導組織協調日常工作，督辦領導布置的各項工作；
2、負責政工、人事、宣傳、黨群、勞動關系管理工作；
3、負責組織協調中心各項管理制度、發展規劃的制定和年度工作目標考核辦法的考核兌現工作；
4、負責中心綜合性文稿的起草工作、文書管理、信息匯總、整理和發布工作；
5、負責會議、培訓、對外宣傳和接待的組織安排工作；
6、負責中心的經費核算、固定資產和辦公用品等行政後勤的管理工作；
7、負責中心所有需要長期保存的檔案管理工作；
8、負責中心所有人員的工資審批、發放、社會保障費用的交納和管理工作；
辦公地點：陽光大廈22樓；
管理科：
職責：1、認真貫徹執行《住房公積金管理條例》及有關法規，按規定歸集管理住房公積金，維護職工的合法權益；
2、負責辦理市區範圍內市級、中央、省及外地駐濰單位住房公積金的繳存、登記、管理工作；
3、負責住房公積金的催繳，對未繳存和不按時繳存的單位制定相應的催繳措施；
4、辦理住房公積金的支取、轉移業務；
5、負責單位住房公積金繳存基數的調整、賬單打印、發放、對賬工作；
6、負責督促、檢查、指導各縣市區的住房公積金征管工作；
7、負責編制、上報住房公積金歸集計劃、月份執行情況報表及情況分析工作；
8、負責清理、回收項目貸款，保證住房公積金資金安全。
辦公地點：濰坊市行政審批服務大廳；
貸款科：
職責：1、認真貫徹執行《住房公積金管理條例》及國家有關住房公積金貸款管理的各項政策法規，擬定我市的貫徹措施和施行辦法；
2、負責指導、監督各縣市區的公積金貸款業務工作；
3、負責辦理市區範圍內市級、中央、省及駐濰單位職工個人住房公積金貸款管理工作，按規定程序審核、審批個人公積金貸款；
4、負責做好公積金個人貸款合同的簽訂、抵押、發放、回收等工作；
5、負責公積金個人貸款的事前、事中、事後審查監督，切實防範貸款風險；
6、負責市中心貸款檔案的審核、整理、歸檔工作；
7、負責擬定年度公積金個人貸款發放計劃。
辦公地點：建設銀行濰坊市分行新華路支行；
財會科：
職責：1、認真貫徹執行《住房公積金管理條例》及有關法規，嚴格按照國家有關法律、規章和財務、會計制度進行財務管理和會計核算；
2、負責市區範圍內市級、中央、省及駐濰單位的住房公積金繳存業務的核算工作；
3、負責全市住房公積金財務收支計劃及財務報告的編制、分析、說明；
4、負責指導、監督各縣市區住房公積金業務的會計基礎工作，嚴格按照有關規定核算收入、支出；
5、負責有關財務會計管理政策的擬定、檢查、指導；
6、負責協調有關部門搞好資金調度管理，確保業務工作正常運行、資金安全；
7、負責向住房公積金管理委員會報告公積金預算、決算、增值收益分配、呆壞賬核銷方案等材料的擬定工作；
8、負責住房公積金貸款利息的計算、貸款本息的回收及核算工作；
9、負責有價證券的管理工作，確保安全。
辦公地點：陽光大廈22樓；
監督檢查科：
職責：1、負責中心信息網絡系統的規劃、建設、維護工作；
2、負責中心在用計算機的日常保養、維護工作，確保業務工作正常、安全運轉；
3、負責對計算機進行例行病毒檢查，防止病毒傳播，定期清除計算機病毒；
4、負責對信息網絡系統及計算機使用人員的培訓工作；
5、負責住房公積金有關數據的備份工作，並異地存放，確保數據安全；
6、負責住房公積金網站的建設、管理工作；
7、負責住房公積金信息管理系統軟件的升級、管理工作；
8、負責住房公積金信息管理系統各使用部門的組織、協調工作；
9、負責向領導和有關部門提供住房公積金監管信息、資料。
辦公地點：陽光大廈22樓。