國家審計署對中央流通管理部門、國家公司和這些單位直屬的國內外企業和機構進行審計。
地方審計機關對本級政府流通管理部門及其直屬的境內外企業事業單位進行審計。第六條審計機關按照《中央預算執行審計監督暫行辦法》及有關規定，對國有商品流通管理部門的預算執行情況進行監督。審計的重點內容是:
(壹)專項補助和各種調節基金支出預算的執行情況，主要審查專項補助和基金預算的批復和執行情況，補助和基金的管理和使用情況，補助和基金的效益和存在的問題；
(二)行政支出和業務支出預算的執行情況，主要審查預算的批復和劃轉，預算資金的管理和使用，實際支出和來源；
(三)預算收入的繳納情況，主要審查有專項收入繳納任務的企事業單位各項預算收入的繳納情況、繳納方式、繳納金額和繳納期限、集中納稅情況和繳納情況；
(四)周轉金和預算外資金，主要審查周轉金的管理和使用、效益和回報、預算外資金的來源和使用、管理和效益；
(五)援助支出預算和援外資金的執行情況，主要審查援外資金的預算批復和預算調整，以及援外資金的分配、劃轉和到位情況，援外資金的使用方式、方向、效益和使用中存在的問題，預算內援外資金的來源和使用情況；
(六)國家戰略儲備和專項儲備，主要審查國家儲備計劃的執行情況、國家儲備資金的使用和安全保障情況，以及儲備物資占用資金的財務收支情況；
(七)在銀行開戶，主要審查銀行賬戶(包括非銀行金融機構)的開立和管理；
(八)基本建設支出預算執行情況的審計，按照《審計機關對國家建設項目預算(概算)執行情況進行審計的實施辦法》執行。第七條審計機關對國有商品流通企業資產、負債、損益的真實、合法和效益進行審計監督。審計機關除參照《國營工業企業財務審計實施辦法》的有關規定外，還應結合商業企業的特點檢查以下內容:
(壹)外匯收支是否符合國家有關結匯、售匯、付匯和會計核算的規定，是否及時足額、權責發生制入賬，是否存在逃匯、套保外匯行為，實收外匯資本和匯兌損益的核算是否合法、正確；
(二)進口業務是否按照國家有關規定經營，應繳納的進口稅是否及時足額繳納；
(三)各類配額、許可證的申請、使用、轉讓和交回是否符合國家有關規定；
(四)境外投資和境外再投資的外匯資金來源是否合法，外匯資金匯出審批手續是否完備，境外企業稅後利潤是否按照規定的比例和方式上繳國庫，是否存在違反國家規定造成境外國有資產流失的情況；
(五)出口退稅是否真實合法，退稅計算是否準確，會計核算是否合法；
(六)易貨進出口的收入、成本、費用及核算是否合法，當期收入和遞延收入的確認是否準確。第八條審計機關對商品流通業有關財政和財務收支的政策運行情況進行審計監督的主要內容如下:
(壹)收購、分配和銷售計劃的分配和完成情況；
(二)執行商品價格政策，商品定價、調價和差率控制是否符合規定，有無按國家規定的購銷價格收購或銷售商品，獲取非法利潤或造成損失的行為；
(三)財政專項補貼的分配和使用情況，是否存在截留、挪用等行為；
(四)企業政策性金融損失的真實性，金融損失形成的原因，金融損失的消化情況，是否存在將經營性虧損與政策性虧損混在壹起，人為擴大政策性虧損的行為；
(五)專項政策貸款的到位、管理、使用和效益情況，是否存在擠占、挪用或利用專項政策貸款進行放貸，從中牟取高額利潤的行為。