1、申報方式不同：申報雙擡頭報關單，需要用特定的材料和文件，主要是代理協議，單擡頭報關單同樣有其對應的文件，兩者不同。
2、抵扣稅不同：對於單擡頭申報，海關在出具關稅和增值稅發票時也是單擡頭，實際是雙臺頭但報關卻是單臺頭，則只有經營單位才能拿這個稅單去抵扣，收貨人就沒法用了。雙擡頭報關則沒有這壹缺陷，二者皆可用。
3、填寫內容有不同：
雙擡頭報關單在填寫收發貨人時填寫的是經營單位，填寫消費使用單位則要填寫實際買方公司名稱，單報關則只用填寫經營單位名稱。
雙擡頭和單擡頭的相同點：不管書單擡頭進出口和雙擡頭代理出口，其外匯都是通過貨主所在的公司來付匯或者收匯的。
單擡頭和雙擡頭的利弊：
單擡頭的優點：更適合壹般納稅人企業，所有費用支出均開為貸款的增值稅發票。
缺點：需要通過增值稅發票稅額的計算公式，計算企業所補繳的稅費差額。
雙擡頭的優點：更適合小規模納稅人企業，無需抵扣。
缺點：進口關稅、貨款差額、銀行費用無票據、不能抵扣，僅能用作做賬。
擡頭，通俗易懂的說，就是進出口公司出口的時候，向海關那邊做貨物進出口申報的進出口的公司，進出口貨物主要負責單位，壹般有問題之後海關或者相關單位會找這個公司。
報關單的擡頭填制：
1、報關擡頭是指報關單的經營單位；
2、根據報關單填制有關規定，報關單上“經營單位”壹欄應填報單位名稱及經營單位編碼。經營單位名稱和編碼是經營單位在海關辦理註冊登記手續時，海關給予的註冊登記名稱和10位編碼。
3、其他單證應和報關單上的單位壹致，應使用經營單位全稱。