1.出口退稅
保稅區與境外之間的貨物流通實行真實申報制度，海關將貨物手冊管理改為企業賬冊管理。從非保稅區進入保稅區的貨物、物品視同出口報關單、外匯票據、增值稅票據，可辦理出口退稅手續。
2.進出口經營活動權
2003年，海關總署發文授予天津、上海、廈門、深圳保稅區企業進出口經營權。在此基礎上，企業進出口經營活動的範圍應該擴大，包括
(1)進出口貨物不限的商品可以分解、儲存、分級、分類、修理、再制造、重新包裝、重新貼標簽、清洗、銷毀、與國外或國內商品混合或復出口。
(2)運往東道國其他地區的貨物是全部或部分原貨物，也可以加工進口。