農戶收入低、效益不穩定，銀行與其合作風險相對較大、回報相對較低。銀行實行商業化運作，追求風險最小化、利益最大化，自然不願支持“三農”。 風險較大
（1）缺少金融機構認可的抵押物。農戶無價值較高的固定資產，而農村土地、荒山、塘堰等承包權尚無專門的評估機構，很難對其價值進行評定。流轉機制未建立，很難實現交易，農村房產尚未辦理符合貸款擔保抵押條件的《產權證》，且農村房產就是抵押給銀行，銀行也很難變現。農村又沒有類似中小企業信用擔保公司之類的社會中介機構。
（2）法律訴訟維權困難。因為筆數多，金額小，利潤低，因此造成法律訴訟成本高，勝訴了難以執行或者無法執行導致銀行損失。 2.農村老齡化
農村人口老齡化加劇，很多年輕人（主要貸款人）外出打工，還有很多外出避債，導致貸款管理困難。
3.信貸人員人手缺乏。
難以了解農戶的經營狀況，信息不對稱、不明了，信貸人員無法作出貸款選擇。因為貸款收益低，成本提高，何況銀行均實行嚴格的信貸責任人賠償制度，壹旦貸款發生損失，貸款責任人要全額賠償。信貸人員若多發放貸款，風險增大，賠償的幾率也就增大。其懼貸心理加劇了“三農”貸款難。
4.金融機構的管理困難
因為貸款數量多，金額小，貸款發放人多，收到天災或者其他因素影響，追責困難導致銀行不良率過高，經營困難。