根據企業所得稅法和實施細則的規定，企業生產經營活動中實際發生的扣除責任人賠償和保險賠償後的余額(包括現金損失、存款損失、壞賬損失、貸款損失、股權投資損失、存貨損失、固定資產和存貨毀損、報廢、被盜損失、自然災害等不可抗力因素造成的損失和其他損失)，按照國務院財政稅務主管部門的規定，
報廢存貨的損失，作為企業的法定資產損失，在資產已滿足法定資產損失確認條件且會計已對損失進行處理的情況下，在年度申報時予以扣除。企業毀損、報廢的存貨，其成本扣除殘值、保險賠款和責任人賠償後的余額，在計算應納稅所得額時，作為毀損、報廢存貨的損失予以扣除。
企業因存貨黴變、變質而報廢的，不能從增值稅銷項稅額中抵扣的進項稅額，在計算應納稅所得額時，應與存貨損失壹並抵扣。