房屋貸款合同補辦流程如下：
1、購房者持有的那本合同要放在銀行質押。如果不慎將合同丟失，應采取如下措施補救：若在沒有做預售登記前丟失合同，只需將剩余的合同作廢，並和開發商重新簽訂壹份合同。
2、若做完了預售登記但還未開始辦理銀行按揭，購房者丟失合同，則需在報紙上刊登合同作廢聲明，並在三個月期滿後，拿著報紙去做預售登記的機關申請註銷所簽訂的那份合同，然後和開發商重新簽訂壹份合同，再去做預售登記。
3、若在做完了預售登記且已經辦理銀行按揭，購房者丟失合同，除需辦理第二種情況所辦理的手續外，購房者還要和辦理貸款的銀行簽訂壹份變更協議，並將新的合同放在銀行質押。
法律依據：
《民法典》
第四百六十五條規定
依法成立的合同，受法律保護
已經依法成立的按揭貸款合同，合同具有法律效力，丟失之後是可以進行補救的，具體程序如下：
（壹）攜帶本人有效身份證到經辦銀行，讓銀行重新提供壹個原合同的復印件，要求銀行蓋騎縫章，並註明與原件相符，也可以要求銀行將原合同作壹復印件公證；
（二）辦理公積金貸款的，可以攜帶本人有效身份證到當地公積金管理部門查檔