公積金貸款銀行卡余額不足導致扣款失敗時，應及時補充賬戶資金至足額，並可通過以下兩種方式進行重新扣款：
1、聯系銀行申請再次扣款；
2、直接前往貸款銀行辦理重新扣款手續。
在進行電話聯系銀行申請再次扣款時，若是在扣款日當天資金不足，需要在扣款前將資金轉入扣款銀行卡中，隨後向貸款機構提出重新扣款的請求。若選擇親自前往銀行，借款人需攜帶身份證及還款銀行卡以完成重新扣款的相關手續。
公積金房貸扣款流程：
1、扣款時間：每月固定的日期，通常是工資發放日或約定的扣款日；
2、扣款賬戶：借款人需確保公積金賬戶或指定的還款賬戶余額充足；
3、自動扣款：銀行會在扣款日自動從賬戶中扣除相應的房貸金額；
4、余額不足情況：如果賬戶余額不足，銀行會進行第壹次扣款失敗的記錄；
5、補足余額：借款人需要在規定時間內補足賬戶余額；
6、第二次扣款：補足余額後，銀行會在下壹個工作日或特定日期嘗試第二次扣款；
7、連續失敗後果：如果連續幾個月扣款失敗，可能會影響個人信用記錄，甚至導致罰息或違約金的產生。
綜上所述，當公積金貸款銀行卡余額不足導致扣款失敗時，借款人應及時補充賬戶資金，並可通過聯系銀行或親自前往銀行辦理重新扣款手續來補上余額。
法律依據：
《住房公積金管理條例》
第二十六條
繳存住房公積金的職工，在購買、建造、翻建、大修自住住房時，可以向住房公積金管理中心申請住房公積金貸款。住房公積金管理中心應當自受理申請之日起15日內作出準予貸款或者不準貸款的決定，並通知申請人；準予貸款的，由受委托銀行辦理貸款手續。住房公積金貸款的風險，由住房公積金管理中心承擔。