高校國家助學貸款風險補償金負擔是高校財政和所隸屬財政各承擔 50%。
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助學貸款風險補償金的意思是根據“風險分擔”的原則，按當年實際發放的國家助學貸款金額的壹定比例對經辦銀行給予補償。具體比例按照國家助學貸款管理中心與經辦銀行簽訂的貸款合作協議執行。
風險補償專項資金按照行政隸屬關系，由財政和高校各承擔50%，由國家助學貸款管理中心負責管理，專款專用。中央部委所屬院校風險補償專項資金由全國國家助學貸款管理中心管理，地方院校風險補償專項資金由所在省、自治區、直轄市、計劃單列市的國家助學貸款管理中心管理。
財政部門應承擔的風險補償專項資金，由國家助學貸款管理中心根據貸款發生額及風險補償比例提出經費需求預算，經教育主管部門審核，編入年度部門預算，報同級財政部門審批。
學費補償與國家助學貸款的區別如下：
1、兩者的性質不同。學費補償是國家或地區對貧困人員進行的學費補償政策，而國家助學貸款是對符合助學貸款條件的人員，提供的貸款便利政策；
2、兩者是否需要償還不同。學費補償是免費提供給相關人學員的；國家助學貸款是需要進行償還的；
3、學費補償與國家助學貸款的其他區別。