公積金資金籌集難度加大。
1，住房公積金相對開放率低。公積金制度在很多中小城市還沒有全面推廣。壹些地方在部門利益或地方利益的驅動下，不願意失去現有的住房利益，無法正確把握形勢，仍然上有政策，下有對策。除了主觀因素，也有企業虧損的原因，也有預算資金困難的遺留問題。因為沒有相關法律，對於那些不執行住房公積金制度的單位，政府也沒有強有力的懲罰措施。
2.住房公積金未能及時足額繳存。在中國經濟發達的城市，如上海、廣州、深圳，繳費比例遠沒有新加坡25%的水平，其他城市的情況更不樂觀。即便如此，很多部門和單位也很難在較低的規定比例內足額繳納，或者長期拖延繳納，表現出很大的隨意性。很多企業因為效益不好，緩繳住房公積金現象嚴重，陷入了惡性循環。
3.住房公積金被擠占挪用。國務院在相關決定中將住房公積金的屬性定義為“個人繳納，單位補助，所有權屬於個人。”但由於認識上的偏差，壹些單位對公積金重視不夠，挪用住房公積金的現象時有發生。有的單位只扣住房公積金不收。這些行為挫傷了職工參與房改的積極性，影響了國家對整個房改工作的統籌安排。