公安交通和交通運輸管理部門在全市各公路道口設立的檢查站，應當協助檢查來往車輛的通行費繳納情況。在日常的執法檢查中，對無通行費繳費憑證的車輛，應當責令車主到指定部門辦理繳費手續後，方可駛離；在車輛年檢或辦理車輛異動手續時，對無通行費繳費憑證的車輛，應當責令車主到指定部門辦理繳費手續後，方可辦理相關驗車、異動手續。
工商行政管理部門應當協助實施本辦法，並向通行費征收管理部門提供有關資料。第六條 市通征辦應當按規定辦理《上海市收費許可證》，並在各收費站點懸掛“收費許可證”副本和繳費程序規定。
對通行費，應當按國家和本市有關預算外資金的管理辦法，實行“收支兩條線”。市通征辦應當將每月的通行費收入於次月5日前，全額解繳市財政局設立的預算外資金財政專戶；市財政局於收款後5日內，審核撥付到各單位的貸款償還專戶。通行費的使用管理辦法，由市財政局商市有關部門另行制定。
征收通行費時，必須使用市財政局統壹印制的貸款道路建設車輛通行費專用收據，同時給予通行費繳費憑證。繳費憑證上，必須標明“償還貸款”的字樣。
除由市財政局核定用於征收管理經費外，通行費全部用於高等級公路、市區高架路、橋梁、隧道項目的貸款償還。第七條 通行費管理機構的職責如下：
（壹）負責宣傳、執行國家及本市有關規費征收的法律、法規、規章、政策，做到依法征費，應征不漏；
（二）負責費源、憑證、稽查、費款上解的管理；
（三）依法對有車單位和個人征收通行費，有權對停車場、車站、碼頭和道路上的車輛進行通行費繳納情況的稽查；
（四）在必要的道路路口、隧道口、高架道路出口、大橋出口、車輛渡口等處，設立固定或臨時的通行費征收稽查站。第八條 征稽人員執行公務時，應當統壹著裝，並佩戴“中國交通規費征稽”胸章。
通行費征稽專用車輛應當設置白底藍字的“中國交通征費”標識和紅色閃光警燈、警報器，並報公安管理部門備案。第九條 本市或進入本市的領有統壹車輛牌證（包括臨時牌證、試車牌證）的各種客貨汽車、特種車、專用車、牽引車、農用運輸車、掛車、拖帶的平板車、二輪摩托車、三輪摩托車等車輛，必須繳納通行費。第十條 下列本市機動車輛免征通行費：
（壹）外國使館、領館自用的車輛；
（二）設有固定裝置的以下專用車輛：
（1）城（鎮）環衛部門的掃地車、灑水車、吸糞車、吸汙車、垃圾專用車；
（2）醫療衛生部門的救護車、防疫車、采血車；
（3）環境保護部門的環境監測車；
（4）軍隊、武警部隊掛有軍車號牌、武警號牌的車輛；
（5）公安、司法部門和檢察院、法院掛有“警”字號牌的車輛；
（6）防汛部門的防汛指揮車；
（7）鐵路、交通、郵電部門的戰備專用微波通訊車。
（三）本市民政部門由社會救濟福利費開支的養老院、福利院、精神病療養院的生活用車，以及市、區、縣收容遣送站的收容遣送車；
（四）經市建設交通委提出，市政府批準免（減）征通行費的其他車輛。
上述車輛如改變使用性質、超出使用範圍、變更使用單位或參加營運運輸，均應全額繳納通行費。