從報表上，國開行的各項指標都是大型銀行中最優秀的，甚至在全世界範圍內都可以算作壹流的銀行。截至2007年底，國家開發銀行資產總額28947億元人民幣，全年實現凈利潤296億元人民幣，不良貸款率0.59%，累計本息回收率99.62 %，連續8年保持國際先進水平。
從表面看，國開行的軟貸款采取多種擔保形式來保障其資金安全，有的以收費權及規費收入權質押相結合；有的以股權質押及政府補貼收入質押相結合；有的是以財政承諾還款的形式，由政府兜底對項目實行還款擔保。由於相當壹部分軟貸款采取政府信用，納入財政預算還款的保證方式，但政府財政是否具有足夠的還款能力或者還款意願卻存在懸疑。
但貌似嚴密的風險防範措施實際卻暗藏漏洞。例如，國開行支持的湖南常德市2003年－2007年城市基礎設施項目，截至2007年6月末貸款余額為6.81億元，但其中公益性資產占比高達90%，基本不會產生現金流，自身幾乎沒有收入來源，如何償還貸款主要取決於湖南省常德市政府的信用，其中隱藏的風險不言而喻。而根據《擔保法》和《財政部關於規範地方財政擔保行為的通知》規定，各級政府不得以各種形式開展直接或間接的擔保，不得對《擔保法》規定之外的貸款或者其他債務承擔擔保責任，因此，政府擔保的法律效力尚不確定。而對國開行的貸款，有地方政府甚至承諾用20年的財政收入作為還款來源，其償還能力更是值得懷疑。
另外值得關註的是，國開行的軟貸款資金運用高度集中。從河南省的情況看，國開行軟貸款行業投向集中度極高，如公路行業軟貸款余額占比高達90%；借款人也高度集中，如15個公路行業軟貸款項目主要集中在河南省公路管理局和河南省高速公路發展有限公司兩個借款人。
以國開行介入較多的公路貸款為例，這類貸款蘊藏著極大的風險。這類貸款多采用打捆貸款方式發放，由省交通廳或者其他融資平臺作為借款人，實行統借統還，借款人對貸款進行監督和管理。但由於涉及項目多，項目貸款經常混用，貸款用途存在較大的不確定性。這類貸款壹般是采用公路收費權質押的方式，但質押登記的管理制度存在漏洞，借款人、質押人、質押登記部門都是交通部門，易形成道德風險。借款人不僅在國開行有貸款，同時在其他銀行機構也有大量貸款，甚至有的項目資金來源幾乎全為負債，如果項目自身效益出現問題或現金流不足，有可能出現到期不能按時償還貸款的風險。
湖南壹高速公路項目從國開行貸款10.6億元，按年借款利率5.76%計算，壹年需支付利息約6100萬元，但這個項目的壹年的通行費收入連還利息都不夠，更不要說償還本金了。
“從長期來看，開發銀行的貸款質量和風險狀況並不容樂觀。”業界人士評價說，開發銀行貸款收息率較高的原因，主要是大量的貸款項目處在建設期，尚未進入還款期，建設期間，還款資金來源基本上是開發銀行或其他商業銀行的新增貸款，但未來貸款本金回收卻存在著較大的風險。
而且，在開行漂亮的財務報表下，其資金期限錯配的風險壹直沒有引起足夠的關註。開發銀行運用市場方式籌集的資金大都為中短期資金。其發行的金融債券期限大都在5年以下，而軟貸款支持的項目的建設周期大都在5年以上，有的甚至長達20多年，還款周期長。這種資金來源短期性與資金使用長期性的錯配，無疑增加了國開行的經營風險。商業化轉型後，隨著發債成本的上升，國開行資金期限錯配的風險將更加突出。
對於國開行軟貸款中存在的問題，監管部門極為重視。2007年8月至11月，監管部門對國開行14家分行及總行營業部進行了軟貸款等方面的檢查。
正常情況下，已經完工的項目已經不需要貸款支持，但國開行的壹些軟貸款卻是對已完工項目發放的。監管部門此次檢查發現國開行廣東、上海、河北等地分行均有向已完工項目發放軟貸款問題。例如，由廣州市隧道開發公司與新富公司合作投資建設的江灣大橋、解放大橋、鶴洞大橋(簡稱新三橋)項目，2000年投入使用，根本不存在建設資本金投入需要，但國開行廣東分行為支持借款人收購新三橋經營管理權，於2005年7月14日與廣州市建設投資發展有限公司簽訂《借款合同》，發放5.6億元的資本金貸款。截至檢查日，該項目貸款余額2.3億元，向已完工項目發放軟貸款直接違反了國發(1994)22號文件精神，違背了國家賦予國開行軟貸款業務的初衷。
由於軟貸款的期限長、利率低，軟貸款常被用於借新還舊和歸還其他銀行貸款。例如，2007年6月，國開行上海分行向上海機場(集團)公司發放20億元軟貸款，用於歸還到期的1年期、20億元流動資金貸款。2004年國開行上海分行發給上海城市建設投資總公司10億元軟貸款中，其中6億元用於歸還交通銀行、農業銀行、工商銀行的貸款和利息。國開行廣東分行累計向廣州市建設投資發展有限公司發放內環路放射線二期項目軟貸款4.8億元，用於歸還中國銀行廣州市沿江支行4億元貸款以及建設銀行廣州市越秀支行8000萬貸款。
對於此類違規貸款，監管部門要求國開行必須收回。對於其他不符合合同約定貸款用途或挪用等情況的軟貸款，監管部門也已經責成國開行提前回收貸款。
隨著地方金融機構重組力度的加大，國開行軟貸款大量用於地方金融的重組。國開行已通過發放貸款方式陸續參與了雲南玉溪市商業銀行等11家中小商業銀行(不含參與組建的村鎮銀行)，以及西南證券和財富證券兩家地方證券公司的重組。截至2007年6月30日，累計發放貸款118.37億元，其中軟貸款68.5億元，硬貸款49.87億元。
“由於地方金融機構多年來聚集風險的成因非常復雜，國開行通過軟貸款向有關金融機構註資並不能從根本上解決現有風險，而且與監管部門的審慎監管原則存在壹定的沖突。”監管部門人士認為，國開行軟貸款參與重組證券公司，難以防止信貸資金流入股市，而且已經有軟貸款資金流入股市的案例發生。
另壹個值得關註的現象是，國開行的軟貸款被用於地方性中小信用投資擔保公司的股權投資，這實際上是使用國開行軟貸款為硬貸款增信。如湖南省某市信用投資有限公司用軟貸款作為資本金參股擔保有限公司，該擔保公司為國開行貸款企業的擔保機構。這壹運作模式實際上是國開行用軟貸款為自己的硬貸款項目提供擔保，用自己的資金為貸款企業增信。這種擔保方式顯然是只具有形式意義，最終國開行將承擔所有的風險。