噴火龍成化石x:和蛙花成化石壹樣，僅限x版本。
噴火龍入化石y:和蛙花入化石壹樣，僅限y版本。
豬籠龜進入化石:和蛙花進入化石壹樣。
胡地化石:鏡洞(B2F，超級環加強後會在晚上8點到9點出現)。
耿鬼化石:香薰城(寶可夢遊樂會前的靈異瘋狂禮物)。
有袋類動物(有袋龍)進入化石:閃亮洞穴(超級環加強後可以右轉的第壹個岔路口盡頭)。
奎羅斯(大甲)化石:黃檀林(2號路入口附近，超環加強後，20:00-21:00之間出現，限X版)。
赫拉克洛斯化石:黃檀林(2號路入口附近，超環加強後，20:00-21:00之間出現，限Y版)。
霸王龍化石:水蓮鎮(瀑布上方，超級環加強後，20:00-21:00之間出現)。
化石翼龍化石:古巷鎮(搶救化石研究所所長後，科研人員贈送)。
超夢入化石X:未知洞穴(僅限X版本)。
超夢成化石Y:無名洞(帶去超夢後收集，僅限Y版)。
龍入化石:藍灣(沙灘老人贈送，需沖浪)。
暴雪王錦化石:冰洞(由雪巨人在洞穴深處展示)。
巨型鉗螳螂進入化石:冰洞(超環加強後，20:00-21:00之間出現在雪巨人後面)。
霹靂獸進入化石:路16(近滑手美智子和保羅，只能戰後撿。超環強化後，會在20:00-21:00之間出現，僅限X版)。
黑路補充化石:路16(近滑手美智子和保羅，戰後才能撿到，強化後20: 00-21: 00之間會出現超環，僅限Y版)。
班吉拉(Bangila)化石:瑤鄉道觀(新星訓練師尼科洛以東，超環強化後，20:00-21:00之間出現，限X版)。
Bosco Dora進入化石:瑤鄉道觀(Nova訓練師Nicolo以東，超環強化後，20:00-21:00之間出現，限Y版)。
香奈兒進化石:米阿雷(日出咖啡館，登錄名人堂後，妳將與卡魯奈的任何壹個麻子夢換取拉盧拉)。
大嘴娃化石:慵懶之城(2F，超環加強後20:00-21:00之間出現)。
查勒姆化石:香薰城(橋北，超環加強後，20:00-21:00之間出現)。
詛咒娃娃入化石:虛空之間(洞穴中，超級戒指強化後，20:00-21:00之間出現)。
阿布索路化石:秦安城(戰勝卡勒姆/塞麗娜後贈送)。
烈咬陸鯊化石:冠軍之路(第二洞和第三洞之間的區域，西北角塔正南方，20:00-21:00之間出現超環強化，需要碎巖)。
Lucario化石:精致之塔(Lucario由可爾妮提供)。
來自大針蜂的化石，比比鳥(比雕)，啞殼動物(啞河馬)，大鋼蛇，蜥蜴王，火焰雞，巨型怪物，勾魂眼，巨齒鯊，噴火駱駝，七夕青鳥，冰山，風暴飛龍。