1、考研難度。整體較難、題型和側重點波動較大，往年考題無參考價值（該單位沒有招生考試大綱、委托其它單位代為出題，題型與農學考研差異大）。每年過線的學生壹般不超過十個，而且有壹些好學校（南農、吉大。。。）的學生被刷掉。因為整體分值較低、被刷的學生很難調劑。通過率較吉大等211院校低。
2、生活待遇：生活費1500每月，去掉宿舍費剩1200，且不能按時發放。入學時承諾只交1年學費（10000），臨近畢業又要求補交兩年（聽說因為換領導）。食堂整體較差、雖說16年底整頓過壹次但好景不長（衛生問題）。很多學生選擇到隔壁所（中國農科院特產研究所就餐）。地處長春凈月旅遊開發區，乘輕軌到市內要1.5小時、生活不便。
3、科研實力：病毒室壹枝獨秀（金寧壹院士、夏鹹柱院士、塗教授）、其它室瀕臨XX。
4、就業情況：非211、非985、非教育部直屬。（目前很多優秀企業招聘、不是211、985的畢業生、簡歷都遞不上去）。
備註：君人學生待遇較高、2017起不再招收地方生入伍。吉林大學的學生較少選擇報考這裏（因為比較了解，國防生除外）。優勢：前面提到的三位老師確實很強，實驗室管理也很到位、其它差異懸殊。（妳懂得？）
下面附上本院學生給領導的壹封信（因學費問題）：
“壹， 研究生學費問題
國家進行的研究生學費改革，向研究生征收學費的思路是學生先向學校繳費，學校再根據學生的不同表現進行獎勵和資助，大部分學校擁有覆蓋百分之80的學業獎學金，可以讓繳費學生沖抵學費。軍事醫學科學院向教育部計劃的地方學院征收研究生學費，可以，符合規定，但是為何規定的後半部分學校進行獎勵和資助卻完全沒有進行？所有學校都會根據研究生入學成績發放第壹年的獎學金，軍科院到現在也沒有任何通知。如果以部隊院校的名義不進行獎勵，那麽，憑什麽收我們學費？
二， 研究生助學金問題
2013年7月29日，財政部、教育部以財教〔2013〕220號印發《研究生國家助學金管理暫行辦法》。其中規定，研究生國家助學金用於資助全國普通高等學校納入全國研究生招生計劃的所有全日制研究生（有固定工資收入的除外），補助研究生基本生活支出。獲得資助的研究生須具有中華人民***和國國籍。博士研究生資助標準為每生每年12000元, 碩士研究生資助標準為每生每年6000元。
考研報名時，我們都是統壹在教育部網站進行報名，生源類別也是教育部計劃，但是入學壹年以來，我們並沒有收到任何的國家助學金。如果我們沒有國家助學金，那麽我們到底算不算教育部計劃的全日制研究生？軍科院在教育部網站招生到底算不算全國普通高等學校，如果不算為何能在教育部網站進行招生？
三， 研究生助學貸款問題
在我們15年入學時，隨通知書壹起送到的入學通知中明確寫道，可以辦理國家助學貸款，然而兩年過去了，我們在國家開發銀行的資助名單中依舊沒有找到軍科院的名字。同學們還是不能辦理國家助學貸款。為什麽廣泛印發的入學通知做出的承諾卻無法兌現，發現問題壹年後還沒有解決？如果真的無法解決這個問題，為何軍科院沒有對這些困難學生進行幫助？
四， 生活費發放問題
關於研究生部每月的生活費，我們的問題很簡單，按時發放很難嗎？這個問題真的無法解決嗎？因未按時發放所產生的利息哪裏去了？
五， 校級獎學金問題
如同第壹個問題所講，所有學校都有覆蓋面很廣的校級獎學金，他們的學生在畢業生可以有壹份漂亮的簡歷，記錄著各種獎勵情況。而我們卻沒有任何廣覆蓋的獎勵，在畢業的時候我們的簡歷競爭性何在？我們找工作的難度領導們有沒有考慮過？“