國家農業綜合開發項目的建設期，依據開發的需要和國家投資的可能，分別確定。土地資源治理開發項目，建設期壹般為三年。第四條 國家農業綜合開發項目周期分為項目初選（項目建議和初步選定）、項目準備（可行性研究、評估論證、擴初設計）、項目實施和竣工驗收四個階段。第五條 國家農業綜合開發項目由國家農業綜合開發辦公室統壹組織地方各級農業綜合開發辦公室以及國務院有關部門負責實施。第二章 項目選擇與準備第六條 國家農業綜合開發項目按照擇優的原則確定。自下而上申請，自上而下篩選。對已到期的項目，先驗收，後立項。第七條 國家農業綜合開發項目分為三個層次：（1）總項目，即省級農業綜合開發辦公室（含國務院有關部門，下同）向國家農業綜合開發辦公室負責組織建設的項目；（2）分項目，即地（市）、縣或國務院有關部門所屬二級機構向省級農業綜合開發辦公室負責組織建設的項目；（3）子項目，為農業綜合開發建設單位向地（市）、縣、國務院有關部門所屬二級機構負責實施的項目。
國家農業綜合開發項目壹律不得越級申請。第八條 申請立項的形式為項目建議書。項目建議書的主要內容如下：
1．土地資源治理開發項目建議書的主要內容為：項目提出的背景，包括自然、社會、經濟等現狀；開發的必要性 可行性；建設範圍、地點、規模；綜合開發和治理的工程量和工作量；所需資金估算及其來源；新增生產能力和綜合效益初步分析；組織領導和主要措施等。
2．多種經營開發及龍頭項目帶動農產品的系列開發建議書的主要內容為：多種經營或拳頭產品產銷的現狀，開發的資源、技術、市場條件，建設規模及主要工
程、技術措施，投資估算及其來源，投資效益分析，承擔開發的企業（公司）的資產負債情況及償還貸款的能力等。第九條 國家農業綜合開發項目的報批程序規定如下：
1．各地區各單位申請的項目，以項目建議書的形式逐級上報，由省級農業綜合開發辦公室進行初選，並通知入選項目單位進行評估論證，編制項目可行性研究報告。
2．省級農業綜合開發辦公室在擇優篩選的基礎上，按照國家下達的投資控制額度匯總編制省級的總項目開發任務和投資計劃，報送國家農業綜合開發辦公室，同時抄報國務院有關部門。由國家農業綜合開發辦公室，召集有關部門***同審查，提出意見，報國家農業綜合開發聯席會議審定。審批的原則是：在國家投資可能的前提下，擇優選項，按項目定投資，選定的若幹項目相加，即為壹個省或壹個主管部門的總開發任務和投資總額。未選的項目，存入項目庫。第十條 省級農業綜合開發辦公室向國家農業綜合開發辦公室編報的總項目開發任務及投資計劃，應提供下列材料：
1．按規定格式的壹套計劃表及說明；
2．主要項目的可行性研究報告；
3．在專家評估論證的基礎上，省級水利主管部門對水資源及利用的鑒定意見，省級土地管理部門對荒地開墾的批準文件，以及其他必需提供的有關資料；
4．省級農業綜合開發辦公室與農業銀行對貸款開發項目的審定意見；
5．省級財政部門對承擔配套資金、按期歸還財政有償資金的承諾意見；
6．土地資源治理開發項目區規劃示意圖。第十壹條 省級農業綜合開發辦公室在編制總項目投資計劃時，可以按財政投資額預留不超過5％的不可預見費，此項費用，由省級農業綜合開發辦公室集中安排使用。第三章 項目實施第十二條 總項目經國家批準後，建設單位必須按照省級農業綜合開發辦公室批準的擴初設計進行施工設計，並嚴格按照設計圖紙施工，不得擅自變更建設地點、規模、標準和主要建設內容。如因特殊情況確需變動時，要經省級農業綜合開發辦公室同意，報國家農業綜合開發辦公室批準。省級農業綜合開發辦公室應將各子項目的年度實施計劃匯總報國家農業綜合開發辦公室備案。