辦理個人住房公積金貸款所繳納的費用主要包括評估費用、擔保費，貸款服務費及相關稅費，在辦理住房公積金抵押登記時，可向申請抵押者按2‰收取手續費，其他費用具體收費標準如下：
擔保費：按貸款額度及貸款年限具體計算
代辦費：收費標準為300元，具體請咨詢您的貸款辦理機構。
評估費：收費標準為300元，其中1990年(含1990年)前的二手房貸款額度超過房屋總價30%，1990年以後的二手房超過房屋總價的50%，需要由辦理機構指定評估公司進行房屋評估。
2012年部分城市放松公積金貸款條件，其中山東臨沂市9縣自2012年6月1日起，住房公積金貸款額度上限將由20萬元提高至30萬元。
2014年10月，由住建部、財政部、中國人民銀行三部門發文，包括放松公積金貸款條件、推進異地貸款、降低中間費用、取消住房公積金個人住房貸款保險、公證、新房評估和強制性機構擔保等收費項目，減輕貸款職工負擔。其中，連繳6個月的職工即可申請公積金貸款(現行為12個月)。
2017年8月15日，由住建部等聯合發布通知稱，自2015年9月1日起公積金貸款買二套房首付取消2成首付。
第二套房可享受公積金貸款。
根據新政策(2014年11月)，住房公積金貸款對象為購買首套自住住房或第二套改善型普通自住住房的繳存職工，不得向購買第三套及以上住房的繳存職工家庭發放住房公積金個人住房貸款。而2010年，有關部門出臺的文件要求，實行支持首套、限制二套、嚴禁三套的住房公積金貸款政策。
首套自住住房貸款額度有望提高。
另外，三部門要求，住房公積金個人住房貸款發放率低於85%的設區城市，可根據當地商品住房價格和人均住房面積等情況，適當提高首套自住住房貸款額度。
住房城鄉建設部住房公積金監管司司長張其光表示，住房公積金貸款額度是影響制度互助作用發揮的重要因素。適當提高首套自住住房貸款額度體現了住房公積金制度支持基本住房消費、資金充分運用等原則。