1、在還款日，首先使用個人住房公積金賬戶余額進行內扣還款；如果賬戶余額不足以支付當月還款本息，系統會生成批扣文件；
2、批扣文件轉至綁定銀行卡進行還款；
3、如果還款日在月末月初，可能因中心月結業務辦理期間而導致扣款日期後延，但這不會對借款人產生不良影響；
4、公積金沖還貸有兩種方式：壹次性還款法和逐月還款法。壹次性還款法是每年壹次提取公積金賬戶余額沖還本金，逐月還款法是每月直接提取公積金賬戶余額歸還當月貸款本息。如果提取金額不足，借款人需及時補足還款金額。
公積金貸款的還款方式：
1、通過銀行自動扣款：銀行會在每月指定日期自動從公積金賬戶中扣除房貸款項；
2、使用公積金管理中心的網上服務：登錄公積金管理中心的網站進行在線還款操作；
3、利用手機APP還款：下載並註冊公積金管理中心的手機應用程序，通過APP完成還款；
4、櫃臺還款：前往公積金管理中心或指定的銀行櫃臺，直接使用公積金賬戶進行還款。
綜上所述，房貸直接從公積金扣款的方法包括使用個人住房公積金賬戶余額進行內扣還款和通過綁定銀行卡進行批扣還款。還款日期可能會因中心月結業務辦理期間而延遲，但不會對借款人產生不良影響。公積金沖還貸有壹次性還款法和逐月還款法兩種方式，借款人需根據情況及時補足還款金額。
法律依據：
《住房公積金管理條例》
第十四條
職工有下列情形之壹的，可以提取住房公積金賬戶內的存儲余額：
1、購買、建造、翻建、大修自住住房的；
2、離休、退休的；
3、完全喪失勞動能力，並與單位終止勞動關系的；
4、出境定居的；
5、償還自住住房貸款本息的；
6、租房自住的；（職工本人及配偶在北京市無自有住房且租住公***租賃住房或商品房，可提取夫妻雙方住房公積金支付房租。）
7、生活困難，正在領取城鎮最低生活保障金的；
8、遇到突發事件，造成家庭生活嚴重困難的；
9、進城務工人員，與單位解除勞動關系的；
10、在職期間判處死刑、判處無期徒刑或有期徒刑刑期期滿達到國家法定退休年齡的；
11、死亡或者被宣告死亡的；
職工符合本辦法第四條1、5、6、7、8情形提取住房公積金的，配偶可以同時提取本人賬戶內的住房公積金。