各級財政部門作為各級政府指定的債務代表，負責貸款資金的放款、發放、回收、還本付息和配套資金的管理。第四條項目單位財務管理應遵守國家法律法規、相關財務管理規定和本辦法，如實反映項目財務狀況；並應本著專款專用的原則撥付項目資金，不得挪作他用。第五條財政部門應與項目辦等項目單位密切配合，做好資金的分配、回收和再利用工作，提高貸款項目的償還能力，保障本級政府債務償還工作的實施。第六條項目單位特別是項目辦應根據項目管理的要求，設置財務會計機構，配備合格的財務會計人員並保持人員相對穩定，及時培訓會計人員，提高其業務素質。財務人員變動時，應按規定辦理財務交接手續。
項目單位應根據基金會貸款協議、相關財務制度和本辦法進行項目財務核算。第七條各級財政部門應監督檢查同級項目辦和下級項目單位的財務會計工作。不符合規定的做法進行處理。問題嚴重的，應及時向上級財政和項目主管部門報告。經批準後，可責令其停止使用貸款或收回貸款。同時，項目單位應接受授權審計部門的審計。第二章資金籌集和管理第八條基金會貸款項目資金包括三部分:(1)基金會貸款；(2)國內外贈款；(3)國內配套資金。
基金會貸款是指財政部、農業部根據貸款協議劃轉並從基金會提取的未償還貸款資金。
國內外贈款是指國際組織、外國政府、國內外企業和個人為基金會項目提供的贈款。
國內配套資金是指地方各級有關部門(包括財政、計委、銀行、農業等部門)為項目提供的有償和無償的配套資金和勞務投入。第九條財務部門應根據貸款協議的規定，在外匯指定銀行開立美元專用賬戶，用於存放基金會預撥的貸款資金和補充貸款資金，並支付貸款資金應承擔的合格費用。第十條各級財政部門應在相關銀行設立項目開發專用賬戶，用於存放外匯兌換的人民幣貸款資金、上級貸款資金、國內外贈款及相關配套資金，各級項目單位也應在相關銀行設立相應的項目開發賬戶。第十壹條貸款協議生效後，項目單位發生的費用按基金會規定的程序和比例報銷和提取。第十二條項目單位應根據轉貸和轉貸協議、項目評估報告的規定和批準的年度工作計劃及時籌集配套資金，確保所有資金按時到位並合理使用。第十三條捐贈中的外幣現金捐贈，以實收金額按當日匯率折合人民幣計價。實物捐贈附有發票的，按照發票所列金額計價；沒有發票的，按照同類貨物的國內或國際市場價格計價。第三章資產管理第十四條資產是指整個項目投資所需的流動資產和固定資產，由基金貸款資金和配套資金解決，按照有關財務制度進行核算和管理。第十五條流動資產包括現金、各種存款、應收票據、應收賬款、預付賬款、其他應收款和存貨。各單位應按照財務制度的有關規定，核算和管理流動資產。第十六條固定資產是指使用壽命超過壹年，單位價值在規定標準以上，並在使用過程中保持原有實物形態的資產，包括房屋、建築物、機器設備、運輸設備、工具器具等。固定資產和其他物資的采購應按照貸款協議、基金會采購指南的要求以及省財政廳和項目辦的有關規定進行。第十七條項目單位應進行估價、折舊、出售、報廢等財務處理。對上述固定資產和其他形式的固定資產，設置固定資產賬戶，分別反映固定資產的增加、減少、余額和折舊。固定資產的購置、轉讓、出售和報廢需經財務和項目主管部門批準。