巖崎彌太郎雖然從“官場”走進了“商海”，但激烈的商海鏖戰往往與激烈的官場鬥爭聯系在壹起。當時在海運界，彌太郎有壹個強勁的對手澀澤榮壹。此人不僅與彌太郎同年出生，而且在家庭出身、學問等方面也很相似， 兩人年輕時也都有過反叛權威的行動。但是，他們的經營觀念、事業策略卻恰恰相反。
1869年，澀澤榮壹被任命為大藏角租稅正，即現在的國稅局長。當時，涉澤才30歲，他的上司是比他小壹歲的伊藤博文。但是，涉澤在大藏省工作時，和他最默契的上司卻是井上馨。
當時日本是以米納租稅，為了把貢米從地方輸送到中央，需要有得力的 船隊，才能很好完成這項任務。而民間用的是舊式和船，容易遭到沈船與浸水的危險，而且運費也相當高，因此，澀澤榮壹與三井公司協商成立壹個半官半民的船運公司。1870年1月，澀澤等組織的郵政蒸汽公司成立後，毫不客氣地把許多民間的弱小船運公司擠到破產的邊緣，彌太郎的公司也受到很大的沖擊。
後來彌太郎在給其弟弟彌之助壹封信中提到：“現在，受大藏省庇護的日本郵政會社與我們三川商會競爭得非常激烈。郵政公司以15年分期付款的方式買下大藏省十五六艘船，稱為大日本郵政蒸汽公司，假政府的威望，其勢銳不可擋；而我們三川商會嚴守規規矩矩做生意的原則，以獲得內外界的信譽為目的。”正如彌太郎在信中所提到的那樣，他的公司在“內外界獲得信譽”這方面遠勝過郵政蒸汽公司。郵政蒸汽公司的經營方式是“官僚式” 的，而彌太郎本著“規模雖不大，然以在野之身，任意做官方辦不到的事情” 的精神來經營公司。彌太郎以信譽為上，重視服務，積極從郵政蒸汽公司爭取到顧客及船貨，為自己公司打開了廣闊的前景。
1873年日本發生政變，壹直庇護三井、支援郵政蒸汽會社的井上馨等長州派政治家逐漸失勢。結果，井上辭去內閣職務，澀澤也跟著辭職。不過，澀澤城府頗深，他已準備好後路，即與小野***同出資，設立第壹所國立銀行，由他本人擔任總監。這年10月，大隈重信出任大藏大臣。11月，大久保利通被任命為內閣大臣。大久保利通、大隈重信等文人派勢力大長，武人派遭到排擠，乃至放逐。巖崎彌太郎壹直與文人派保持密切的聯系。
1874年，日本西鄉從道出兵侵略大清帝國的臺灣島。彌太郎積極向大久保利通請示承攬壹切軍需輸送工作。大久保利通同意以771萬日元為政府購得13艘汽船，托與三菱。從這個時候開始，澀澤的郵政蒸汽公司與三菱商會的地位就顛倒過來了。侵臺之役後，被郵政蒸汽公司視為命脈的補助金也被停掉，政府將郵政蒸汽公司的18艘船以22.5萬日元買下，連同政府所有的13艘，幾乎不要代價地借給三菱商會。另外，政府又在1875年9月15日發布命令：每年給予三菱25萬日元補助金。
1877年日本國內發生西南戰爭。大久保利通等時刻關註戰況，深夜與大隈重信商量，破格優待彌太郎，以15年分期貸款償還的方式，借給彌太郎345萬日元資金，購買10艘船，讓三菱商社全面協助軍事運輸；等到戰後，將這些船全數送給三菱公司。在西南之役8個月期間，政府花在船運上的費用高達1300萬日元，相當於戰爭總費用的三分之壹，其中大部分被三菱公司賺去了。1877年，三菱***擁有61艘汽船，噸位高達35464噸，占日本全國汽船總噸數的73%，三菱公司壹躍成為海上霸王。從此，彌太郎以汽船為中心， 將事業範圍擴大到匯兌業、海上保險業、倉儲業等。在三菱公司進行押匯的貨物都由三菱的船只來運送，由三菱負責保險，收在三菱倉庫之中，於是， 三菱的匯兌、保險、運輸、倉儲等方面的利潤都成倍地增長，壹派蒸蒸日上 的景象。
與三菱公司相反，昔日對三菱不屑壹顧日本三井物產公司在三菱的迅速擴張中受到猛烈的沖擊。壹般競爭不過三菱的地方性小汽船公司，破產後不得不租用三菱的船只。對於別的小汽船公司，三菱很大方地出租給船只；唯獨對於三井物產，彌太郎不同意租給它船只。縱使三井物產公司最後提出每年提供超過70萬日元之高的租賃費，也枉費心機。
正當三菱獨霸海運，業務如日中天之際，忍無可忍的澀澤榮壹與三井物產公司的董事長益田孝商量，糾集敵視三菱的地方船只、批發商、貨主，采取涉澤最擅長的合股方式，創立壹家大型海運公司，企圖對“驕恣”的彌太郎進行反擊。他們成立的新公司取名“東京風帆船會社”，投入資金36.6萬日元，董事長預定由海軍大佐遠武秀行擔任，頭取（相當總經理）由澀澤榮壹的堂弟澀澤喜作擔任。
面對來勢兇猛的威脅，巖崎彌太郎也未敢怠慢。他迅速召集會議尋求對策。首先，三菱公司展開了全面的離間行動。彌太郎先派得力幹將在地方上說動當地的富戶，不要投資經營困難的海運公司，而接受三菱全面的幫助，組織物產公司。結果，準備投資或已經投資東京風帆船會社的地方實力派，都紛紛抽身，借重三菱的協助，成立物產公司，與涉澤、三井競爭。
其次，彌太郎還通過媒介大造輿論，攻擊涉澤、三井壹派。如當時日本 的《團團珍聞》載：“澀澤由於投機生意而虧損50萬日元，造成財力上的壹個破洞，為彌補破洞，他才設立風帆會社，以此來彌補虧損。”《近事評論》也載：“澀澤榮壹在米業及銀行方面的投機生意失敗，失望狼狽之余， 與三井銀行商量，組織風帆船公司，各處籌募資金，以彌補自己的虧損。”在真真假假的輿論攻勢之前，澀澤在米業及銀行上早已壹天不如壹天，如第壹國立銀行，抄紙公司等都連連虧損，而謠傳鵲起更使澀澤等人陷 入進退維谷的局面。
另外，彌太郎還開始秘密收購涉澤與三井派合股創立的東京股票交易所的股票。彌太郎絞盡腦汁使收購股票的策略成功，澀澤榮壹的弟弟澀澤喜作被迫辭去頭取之銜。彌太郎向澀澤所做的反擊不止於此，他還對澀澤支持的商法講習所（壹橋大學）施加壓力。他命令在東京府會中任職議員的屬下，在府會中議決停止商法講習所繼續授課。雖然彌太郎的反擊有時未免過人，但卻很淩厲，幾乎招招命中要害。最後、東京風帆船會社由於地方資本家的背叛，資本銳減為17萬日元，客戶壹壹被搶走，船員也不斷被挖走。情況最淒慘時，僅能維持營業而已，與處於最盛期的三菱公司簡直不可同日而語。澀澤雖在與三菱的競爭中敗得壹塌糊塗，卻未徹底垮臺，而且隨著局勢的發展，意外地得到了卷土重來的契機。
1881年，當權者大隈重信被反對派排擠，被迫下臺，而另壹位彌太郎的支持者大久保利通也早已被殺。明治政府內部己無人能幫助彌太郎的三菱。農商大臣西鄉從道甚至大罵三菱是壹夜暴富的國賊。而與三井息息相關的井上、同縣及伊藤等長州人物開始掌權。下野的大隈重信組織改進黨與政府相抗衡，彌太郎鼎力支持大隈的反政府運動。於是，形成“長州藩閥政府加三井財閥”的聯盟對抗“大隈的改進黨加三菱”的聯盟的局面。對彌太郎而言，真正的龍爭虎鬥才剛開始。
就在政壇鬥爭激烈，陷入壹片混戰之時，澀澤榮壹再度活躍起來。他指使心腹田日卯吉在《東京經濟雜誌》上發了壹篇名為《論三菱公司的補助金》 的攻擊性文章。由於澀澤的推波助瀾，三菱越來越處於不利的地位，特別是明治當局也看到，若是彌太郎的財力和大隈的行動結合在壹起，圖謀顛覆政府，將是壹件最可怕的事。於是，1882年明治當局計劃成立壹個打垮彌太郎三菱公司的大海運公司，由澀澤出面，井上馨贊助，農商大臣品川負責指揮。彌太郎在政府這壹計劃出臺前得到消息，立即提出“意見書”阻止，然而政府卻以壹篇《辨妄草案》的長文加以駁斥。就這樣，規模空前的大公司——***同運輸公司按計劃成立了。這個公司采取澀澤最擅長的合股形式，其中260萬日元由政府投資，其余由三井集合民間遊資形成，***計總創業資本為600萬日元。
1883年1月，***同運輸公司將東京風帆船會社的三家公司合並。社長向英國訂購最新式的船只，啟航後，其航線與三菱公司航線完全壹樣，於是“天下大角力終於開始”。當時的《東京日報》報道：“兩家公司壹起由神戶出航之後，為了搶先到達目的地，船員與船長都綁上頭巾，不計成本，拼命將煤炭鏟入火爐中，雙方都不肯認輸，在海上進行馬拉松賽跑。到達紀州藩時， 火爐內的火力強到煙囪燒得赤紅，船員卻不因煙囪可取代火爐的暖氣而高興，因為，當時船內已達灼熱難耐之溫，由陸地遙遙望去，好象看到兩只火龍在競速壹般，情況十分可怕。”兩家公司為了搶乘客，搶業務，幾乎是“不擇手段”。***同公司企圖通過附贈禮品來吸引乘客；三菱公司也不甘示弱，不惜把般費降到不能再降的地步。接著，兩家公司的競爭演變為降價競爭。最高興的還是乘客與貨主們，他們甚至威脅說：“妳們不多打折扣，我就去坐別家的船。”
在危機四伏的情況下，彌太郎以堅定的信念、高昂的鬥誌、超人的謀略與***同公司角逐。他既重視對方的變化，以便采取相應的對策，也非常註意內部整頓。他將公司重新改組，裁撤冗員，削減開支，采取徹底抗戰的姿態。他的心腹近藤廉平（日本郵船社長）利用壹張公司便箋寫私信，彌太郎發現後，居然立刻給予他從月薪（70元）中扣除15元的處分。當時有人諷刺說： “近藤使用壹張紙花了15元，近來物價實在太貴。”盡管有人覺得彌太郎對屬下太苛刻了，但他的辦法卻的確使三菱走出危機。1884年，每噸汽船的平均收入三菱為100元，***同公司只有50元。與***同公司的競爭，三菱雖獲得了勝利，然而，赤字的打擊使它元氣大傷，不得不停止香港至琉球間的航線，連三菱匯兌所也被迫停業。此時，***同公司也精疲力竭，他們拼命宣傳，但其股票在 1884年下半年已陷入毫無紅利的窘境，股價落到面額的2/3以下，持股人爭相拋售。彌太郎抓住機會，秘密收購這些拋出的***同公司股票。到1884年末，彌太郎已控制了過半數的股權。這樣壹來，***同公司的高級管理者與股東亂作壹團，尤其是井上、品川、涉澤等三進、長州派與批評公司做無謂競爭的薩摩派更是產生激烈的爭執。 但面對***同的敵人三菱，兩派都咬牙切齒。到此地步，政界自由黨的幹部覺得已不能袖手旁觀，加上政治、經濟形勢發生變化，自由民權運動逐漸普及到貧民層，演變得過於激烈。於是，他們在發生激烈暴動前便解散了組織，大隈重信也由改進黨脫黨。對政府而言， 已無須再整垮三菱。另外，經濟不景氣的風暴愈來愈強，公司、銀行壹家接壹家倒閉。兩家公司對打下去只會兩敗俱傷。1884年12月15日，農商務卿兩方從道為使兩家公司白熱化競爭降溫，訂立了關於兩家公司船只出發時間、速度的規定。1885年2月5日，在政府的斡旋下，兩家公司在運費、出發時刻、承包人、船員雇用等方面達成臨時協定。
1885年2月7日，巖崎彌太郎由於飲酒過量，再加上日日勞心，胃癌難愈，終於帶著無限遺恨撒手西歸了。他弟弟巖崎彌之助繼承了他未竟的事業。 彌之助指示各分公司負責人“社長喪期，為免忽略事業，各人須更加小心謹慎。”沒有讓各旗以致哀。
巖崎彌太郎死後不久，***同公司與三菱公司的臨時協定又宣告破裂。彌之助列舉了***同公司對協定背叛的事實，發出最後通蝶。於是戰端重開，甚至比以往更激烈，7塊7毛錢的運費競降至2毛5，到最後，幾乎是完全不需費用，還饋贈禮品。當時《東京日報》載：“幾乎完全免費，又附贈壹條毛巾。”面對如此態勢，三菱公司決心背水壹戰。彌之助決定：月薪百元以上的職員，不論其資歷多深，薪俸壹律減半。同時，彌之助為了表達自己對政府偏袒***同公司的不滿，揚言要將彌太郎時代向政府申請的輔助金全數償還， 並且將所有的船只集中在品川外海引爆。政府方面原先不相信會這麽做，但是，彌之助居然真的退還3200多萬日元，使得政府人員開始感到擔心。如果彌之助真的引爆船只，社會輿論必會交相指責政府，因此，他們不得不更換***同公司的社長，任命溫和的森岡昌純為新社長。森岡昌純上任後不久就與彌之助進行秘密會談，討論兩家公司合並之事。雖然在***同公司內部，澀澤與益田等汲力反對合並，卻不能抵擋大勢所趨。後來***同公司召開臨時股東大會時，合並派以絕對多數票大獲全勝。
1885年10月1日，兩家公司合並成立日本郵船公司。***同公司出資600萬，三菱公司出資500萬。由於***同公司股份分散，加上很多股票早已被三菱秘密收購，實際的權力彌之助並不吃虧。後來，這家新公司終於成為日本最大的公司，同時，高級幹部很多都是三菱壹系的人。至此，兩家公司的激烈競爭最終告壹段落。彌太郎的4個女婿中，加藤高明及幣原喜重郎2人後來成為日本首相。