2、如果是買新房，組合貸款買房的審核流程漫長，對於開發商而言，回款速度會很慢，因此有很多開發商不接受組合貸款買房。
3、有很多開發商在建房之前就與某家銀行達成了捆綁協議，承諾業主買房也要從該銀行貸款才可以，這種情況之下也沒有辦法辦理組合貸款。因為商業住房貸款業務屬於銀行優質資產，所以銀行與開發商簽訂開發貸款合同的時候，附帶條件就是辦理商業住房貸款。而公積金核心推出的組合貸款只能和指定的銀行合作，而如果與開發商之間達成捆綁協議的銀行是除了公積金合作的其他銀行，那麽使用公積金貸款的話可能會不好辦理或是手續流程過於麻煩，這也是不能辦理組合貸款的原因之壹。
組合貸款的優點
1、貸款額度高
相對於個人住房公積金的對貸款額度的大量限制，壹般能取得的貸款額度並不能滿足購房者的需求，而組合貸款則能夠相對獲得總額度較高的貸款。
2、貸款利率相對適中
組合貸款貸款利率綜合了純公積金貸款和純商業貸款的貸款利率，因此組合貸款利率也處在商貸和公積金兩種貸款的中間，壹定程度上緩解了貸款人的還款壓力。
組合貸款的缺點
1、辦理銀行有限
能夠承辦組合貸的銀行非常少。借款人辦理組合貸款會發現公積金管理中心只是與某壹家銀行合作，對借款人申請組合貸業務會有很大的局限性。
2、手續比較繁瑣
辦理組合貸款，等於是要辦理壹次公積金貸款和壹次商業貸，準備材料較多，手續還會比較繁瑣，而且貸款資金需在辦理完產權過戶，並且完成抵押登記後才能夠發放並劃入賣方的賬戶，需要2到3個月的時間。從“組合貸”的操作流程來看，貸款時間過長賣方會不願意。
3、手續費較多
公積金與商貸均收取擔保費，以及額度不等的評估費用。借款人如果是通過中介公司或者貸款服務機構辦理還需支付服務傭金。這樣算來組合貸會比純公積金貸款或商業貸款的手續費多。
4、置業升級受“牽連”
組合貸的弊端在於借款人置業升級換房時會受到二套房政策的“牽連”。組合貸中商貸那部分會在央行的征信系統中留檔，置業升級的時會被認定為二套。而住房使用公積金貸款還清後賣掉，再次用公積金貸款還將算首套住房，按優惠政策執行。