首先是市場聯動的風險。
與內地a股市場相比，由於港股市場外匯資金自由流動，境外資金流向與港股價格存在較高的相關性。因此，投資者在參與港股交易時，相對更容易暴露於全球宏觀經濟和貨幣政策變化帶來的系統性風險。
其次是股價波動風險。
由於港股市場實行T+0交易機制，價格波動沒有限制，且香港市場結構性產品和衍生品種類相對豐富，港股通股票的股價受突發事件驅動，表現為股價波動幅度比a股更劇烈，投資者持倉風險相對較大。
第三，交易成本風險。
目前投資者參與港股投資需要各種稅費，如傭金、交易征費、交易費、交易系統費、印花稅、過戶費、組合費等。投資者在參與港股交易前，應充分了解可能需要繳納的相關稅務安排，避免因交易頻率增加而增加交易成本。
此外，還有個股的流動性風險。與內地市場中小盤股票交易活躍不同，在香港市場，部分中小盤港股交易量相對較小，流動性相對缺乏。因此，如果投資者重倉持有這類股票，可能會面臨少量拋售導致股價因缺乏交易對手交易而大幅下跌的風險。
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還需要註意以下幾點:
首先是訂單類型。
在試點初期，港股通投資者只能在聯交所開市前期間輸入限價申報單，在持續交易期間只能加強限價申報單進行交易，不能使用市價申報單申報交易。在此，內地投資者要理解港股通訂單類型的含義，規避因申報價格與交易價格差異導致交易無法完成的風險。
二是額度控制。
內地投資者應充分認識因港股通額度管制而導致購買交易可能無法及時執行的風險。上交所微博證券交易服務公司監測並發布港股通每日額度和總量。買賣港股通股票觸及總額度或每日額度限制時，投資者的買入指令會受到限制，可能導致交易延遲和失敗，投資者也可能遭受經濟損失。
三是交易日。
香港和內地a股市場的交易日並不完全相同。滬港通將在滬港兩地均為交易日且結算安排能夠滿足的情況下開通。投資者在參與港股通交易時，需要充分了解具體交易日期，做好交易安排和風險控制。
第四是貨幣兌換。
內地投資者參與港股通投資時，作為港股通標的的聯交所上市公司股票以港幣報價，以人民幣結算(6.2261，0.0113，0.18%)。此外，由於與港股通相關的外匯結匯是在交易日結束時而非交易日內實時進行的，投資者應註意不同交易時間人民幣對港元結匯可能產生的匯率風險。