其次，對內外加工業務收入應分別核算。目前，企業為了適應市場經濟的發展，往往采取多種經營方式，可能既做進出口貿易，又做生產、加工業務。這就要求企業要分清業務的主次，主營業務在“營業收入”中核算，而兼營業務則在“其他業務收入”中核算。來料加工企業也有類似問題，比如來料加工企業為了充分利用現有設備，既從事對外加工業務，又搞國內加工，這時就應分別核算對內、對外加工業務。外加工費收入免征增值稅，而內加工費收入則要征稅，如果劃分不清，就不能享受免稅待遇。另外，企業出售廢料的收入，應在“營業外收入”中核算，因為它與生產經營無直接關系。
第三，境外委托方代支的費用應如實計入收入。目前，國內來料加工企業加工費收入定得普遍較低，境外委托方往往與國內來料加工企業簽訂某些協議，代支部分費用（如廠租、報關費等大額支出），例如某制衣廠，1997、1998年兩年虧損總額高達899萬元，其中1998年的加工費收入為72萬元，費用成本總額為445萬元，收入僅占費用的16％，而僅工資壹項開支就達312萬元。該廠付出312萬元的工資卻只取得72萬元的收入，且該廠成立10年來，壹直處於這種狀況，卻能經營下去。究其原因，原來境外委托方經常付給該廠現金（是人民幣而非外匯）以供日常開支，這部分現金則掛在“其他應付款”賬上，而不在收入科目中反映，這就變相轉移了企業加工費收入，從而轉移利潤，減少應納稅所得額，同時由於加工費收入過低，也減少了國家外匯收入。對於外商代支的此類費用可理解為價外補貼收入，應並入應納稅所得額計算繳納企業所得稅。
（二）費用的核算
首先，費用核算應細化。壹般地，大的來料加工企業可將費用分為“制造費用”和“管理費用”，用於生產方面的費用計入“制造費用”，用於辦公管理方面的費用計入“管理費用”，而對於小的來料加工企業來講，也可將所有費用都計入“管理費用”。對於出口方面的費用，如監管費、商檢費、衛檢費、打單費、場檢費、招待費、補助費等，大部分企業都把它們放入“報關費”。其實，這樣做不利於企業進行財務分析，最好的辦法是分項單列。比如說，有的來料加工企業每月報關費有幾十萬元，但具體是什麽開支卻不清楚，而分開列記就不存在上述問題。同時，衛檢費、場檢費等是按車次收取的，監管費、商檢費是按材料價值來計算的，如果實際支出金額偏差較大，就可檢查是否有不正常開支，從而促進企業做好財務分析。
其次，購進原材料和輔料的進項稅額不能抵扣，而應單獨核算並計入成本費用。來料加工企業主要原材料和大部分輔料是通過海關進口的，也有小部分輔料是從國內采購的。在國內采購的材料，即使取得增值稅專用發票，其進項稅額也不能抵扣，而只能計入成本費用。這是因為，按照現行稅收政策，來料加工復出口的貨物，壹律實行“出口免稅”管理辦法，即進項稅額（包括進口料件和國產料件的進項稅額）不予抵扣，最後生產加工環節不征稅，出口也不退稅。這與進料加工貿易不同，進料加工企業使用的國產料件可辦理出口退稅（必須取得增值稅專用發票）。因此，對從事來料加工復出口業務的出口企業，為生產或加工復出口的免稅貨物而購進的已稅原材料、輔料等，其進項稅額不能抵扣和辦理退稅，而應單獨核算並轉入來料加工經營成本中。若不能單獨核算應稅和非應稅項目的進項稅額的，按銷售比例分攤其耗用原材料的進項稅額。
二、來料加工企業的稅收優惠
根據《出口貨物退（免）稅管理辦法》的規定，出口企業以“來料加工”貿易方式免稅進口原材料、零部件後，憑海關核簽的來料加工進口貨物報關單和來料加工登記手冊向主管其出口退稅的稅務機關辦理“來料加工免稅證明”，持此證明向主管其征稅的稅務機關申報辦理免征其加工或委托加工貨物及其工繳費的增值稅、消費稅。貨物出口後，出口企業應憑來料加工出口報關單和海關已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向主管出口退稅的稅務機關辦理核銷手續，對逾期未核銷的，主管出口退稅的稅務機關將會同海關和主管征稅的稅務機關及時予以補稅和處罰。
三、會計核算及納稅申報的具體操作企業在報關出口後即要確認收入，借記“應收賬款”，貸記“應交稅金”、“加工費收入”，在記賬憑證後附上“出口貨物報關單”和“出口收匯核銷單”復印件。出口貨物報關單必須是加工完工向海關辦理銷案時提供的出口貨物報關單，而不是報送給外管局的報關單（報外管局的沒有記錄工繳費收入）。企業收到代理進出口商的結匯收入時，借記“銀行存款”，貸記“應收賬款”，並提供與該筆結匯相關的“銀行進賬單”、“銀行外匯兌換證明”復印件。企業進行納稅申報時，除報送資產負債表、損益表、納稅申報表外，還要提供主管其出口退稅機關簽發的“來料加工貿易免稅證明”，主管征稅的稅務機關簽發的“免稅通知書”復印件。例如，某服裝加工廠屬小規模納稅人，6月份發生以下業務：（1）6月10日進口全棉梳織布400000米，價值220000HKD，拉鏈、鈕扣等輔料750公斤，價值3700HKD； （2）6月20日出口全棉童裝褲20000條，單價8HKD，總價160000HKD，工繳費收入每條2．75HKD，總計55000HKD（按當年固定市場匯率1∶1．1），報關出口時支付的場檢費60元，衛檢費40元、打單費35元、動檢費40元。（3）6月28日支付工人工資25000元，管理人員工資5000元（工資當月計提當月支付），支付餐費860元，差旅費650元，職工藥費470元，水電費5000元，設備維修費2780元，廠租15000元。編制會計分錄如下：（1）6月10日進口原材料時不作賬務處理，只記原材料備查賬，登記進口貨物日期，進口數量結余數。（2）6月20日，出口成品報關後借：應收賬款——外方 60500（55000HKD×1．1）貸：應交稅金——增值稅 3424．53 加工費收入——外加工 57075．47 （附出口報關單及外匯核銷單）每出口壹批貨物耗用的原材料，要在原材料備查賬上按日期登記數量，出口成品也要做備查賬記錄。（3）6月20日報關出口支付的費用：借：制造費用——場檢費 60 ——衛檢費 40 ——打單費 35 ——動檢費 40 貸：現金 175 （4）6月28日支付車間費用借：制造費用——水電費 5000 ——維修費 2780 ——廠租 15000 貸：現金 22780 （5）6月28日支付管理費用借：管理費用——餐費 860 ——差旅費 650 貸：現金 1510 （6）6月28日支付福利費借：應付福利費——藥費 470 貸：現金 470 （7）6月28日計提工資 借：管理費用 5000 制造費用 25000 貸：應付工資 30000 支付工資：借：應付工資 30000 貸：現金 30000 （8）月末計提福利費、工會會費、教育費附加 借：制造費用 4375 管理費用 875 貸：應付福利費 4200 其他應付款——工會經費 600 教育經費 450 （9）月末計提稅金及教育費附加借：產品銷售稅金及附加 342．45 貸：應交稅金——城建稅 239．72 其他應交款——教育費附加 102．73 （10）結轉制造費用 借：委托加工成本 52330 貸：制造費用 52330 （11）月末結轉收入 借：加工費收入——外加工 57075．47 貸：本年利潤 57075．47 （12）月末結轉支出借：本年利潤 60057．45 貸：委托加工成本 52330 管理費用 7358 產品銷售稅金及附加 342．45 這是壹個僅涉及外加工業務的實例，下面看看既有外加工又有內加工情況下，該如何進行賬務處理。接上例，7月份該服裝廠發生以下業務：（1）7月8日申報6月份的加工費收入；（2）7月10日國內甲廠提供棉布價值100000元，委托該加工廠加工童裝衣。該服裝廠購進價值1300元的輔料，支付增值稅221元（當月購進當月全部領用）； （3）7月20日為甲廠加工成品童裝衣9500件，單價20元，總價190000元，每件加工費3．5元，應收加工費33250元；（4）7月26日報送出口童裝褲15000條，單價9HKD，總價．135000HKD，工繳費收入每條3HKD，計收入45000HKD（當年固定市場匯率1：1．1）；（5）7月28日收到上月工繳費收入59400元。（當日匯率1：1．08）；（6）本月支付管理費用25000元，制造費用48000元；（7）7月30日處理上半年廢料，收入3000元。編制會計分錄如下：（1）7月8日進行納稅申報時，應附上《來料加工貿易免稅證明》、《免稅通知書》的復印件。借：應交稅金——應交增值稅 3424．53 ——城建稅 239．72 其他應交款——教育費附加 102．73 貸：補貼收入 3766．98 （2）7月10日為加工國內童裝購進輔料借：原材料 1521 貸：現金 1521 生產車間領用時借：委托加工成本——輔料 1521 貸：原材料 1521 （3）7月20日為甲廠加工成品童裝衣收取加工費收入借：應收賬款——甲廠 333609 貸：應交稅金——增值稅 1968．17 加工費收入——內加工 31367．92 1968．17＝（33250＋1521）／（1＋6％）×6％ 31367＝33250／（1＋6％）計提稅金及附加：借：產品銷售稅金及附加 196．82 貸：應交稅金——城建稅 137．77 其他應交款——教育費附加 59．05 下月申報時，應繳納內加工應計的 稅金及附加。（4）7月26日報關出口童裝褲借：應收賬款——外方 49500（45000HKD×1．1） 貸：應交稅金——增值稅 2801．89 加工費收入——外加工 46698．11 （附出口報關單、外匯結匯單復印件）計提稅金及附加： 借：產品銷售稅金及附加 280．19 貸：應交稅金——城建稅 196．13 其他應交款——教育費附加 84．06 下月納稅申報時，免繳外加工應計稅金及附加，將其轉入補貼收入。（5）7月28日收到上月工繳費收入：借：銀行存款 59400 （55000HKD×1．08）財務費用——匯兌損益 1100 貸：應收賬款——外方 60 500 （附銀行進賬單原件，銀行外匯兌換證明復印件）（6）本月支出費用：借：管理費用 25000 制造費用 48000 貸：現金 73000 （7）處理廢料收入：借：現金 3000 貸：營業外收入——廢料收入 2830．19 應交稅金——增值稅 169．81 （8）計提稅金及附加：借：營業外支出 16．98 貸：應交稅金——城建稅 11．89 其他應交款——教育費附加 5．09 應計的稅金及附加在下月申報時要繳納，不可免稅。（9）月末結轉制造費用借：委托加工成本 48000 貸：制造費用 48000 （10）月末結轉收入借：加工費收入 78066．03 營業外收入 2830．19 被貼收入 3766．98 貸：本年利潤 84663．20 （11）月末結轉支出借：本年利潤 76114．99 貸：管理費用 25000 委托加工成本 49521 營業外支出 16．98 財務費用 1100 產品銷售稅金及附加 477．01