首先，凈額結算和清算是有本質區別的。凈額結算是通過法律手段使壹方對另壹方的債權或債務凈額化，如在多次交易中抵銷或抵消部分，通常發生在市場交易者之間，如有相反的交易後才支付余額。而清算則是壹種法律程序，旨在終結法律關系，處理剩余財產，如協會註銷時的財產清算。未完成清算的終止不具有法律效力。
其次，在操作流程上，同業清算分為實時全額清算和凈額清算。實時全額結算是指每筆交易都是立即支付，凈額結算是指壹天結束時對所有交易進行加減，只清算凈額，有助於提高資金周轉效率，但可能涉及復雜的規則。凈額結算通常發生在清算之前或清算的同時，簡化了支付流程，如A銀行和B銀行的交易，只需在日終根據凈額結算結果支付實際差額，避免了不必要的資金流動。
最後，在行為上，清算代表交易的最終結算，意味著兩家銀行之間客戶資金的直接點對點支付已經完成。凈額結算在結算銀行壹級進行。通過記賬，兩家銀行的支付指令合並形成凈額。只有軋差記賬後，交易才能完全結束。
總之，銀行的凈額結算和清算雖然都與資金交易的結算有關，但各自的側重點和實現機制不同。前者側重於簡化處理，後者強調法律效力和完全支付。