惡意透支信用卡的立案標準有：如果行為人惡意透支信用卡的數額在壹萬元以上的，公安機關就應當予以立案。但如果數額為壹至十萬元，在公安機關立案前已全部還清，且情節顯著輕微的，可以依法不予追責。
法律依據
《最高人民檢察院公安部關於公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（二）》第五十四條
進行信用卡詐騙活動，涉嫌下列情形之壹的，應予立案追訴：
（壹）使用偽造的信用卡，或者使用以虛假的身份證明騙領的信用卡，或者使用作廢的信用卡，鬥拍仔或者冒用他人信用卡，進行詐騙活動，數額在五千元以上的；
（二）惡意透支，數額在壹萬元以上的。
本條規定的“惡意透支”，是指持卡人以非法占有為目的，超過規定限額或者規定期限透支，並且經發卡銀行兩次催收後超過三個月仍不歸還的。
惡意透支，數額在壹萬元以上不滿十萬元的，在公安機關立案前已償還全部透支款息，情節空汪顯著輕微的，可以依法不追究刑事責任。
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