持有期損益就是指持有債券期間的票息收入減去資金成本。
如果國債的票息超過資金成本，那麽持有國債就可以帶來正的持有期收益，即可以獲利。資金成本可以是購買國債的資金來源的成本，內部資金的成本，或者機會成本。舉例來說，如果壹個投資者購買國債的資金來源是回購，那麽資金的成本他需要按照回購來計算，假設國債票息3%，回購的利率是2.7%，那麽他每天可以獲得（3%-2.7%）×1/365的回報，如果回購利率是3.5%，那麽他則每天面臨-0.5%×1/365的虧損。再如，壹家金融機構的自營，其資金成本是Shibor+75bps，如果Shibor是3.3%，則自營資金的成本是4.05%，假設國債票息3%，那麽持有國債對於該機構的自營交易來說是虧損的，每天的收入不能覆蓋資金成本。最後我們舉個例子來說明機會成本。如果壹個機構的資金本來打算去做逆回購，看見國債有些機會，打算做國債，那麽資金的機會成本應該按照逆回購來計算，壹般來說逆回購的利率就是國債投資的資金成本，通常而言，逆回購低於5～7年國債的收益率，不過在季末、節前資金緊張期間，逆回購利率可能會高於國債票息。
當然，如果投資者以自有資金來交易國債，並且不考慮機會成本，那麽持有期收益就是票息，個人投資者往往會這麽做，不過對於機構投資者來說，還是需要考慮資金成本的。
以上三種方式在不同的投資者眼中，看法不盡相同。有些投資者會覺得例如回購等方式是計量持有期成本更好的方式，有些投資者不能進行回購融資，因此內部的資金成本和機會成本是此類投資者衡量資金成本的方式。
這樣可能造成壹個問題，投資者計量資金成本不同，造成相同的交易在各家的盈虧計量不相同，例如：
國債票息3.2%，回購成本2.9%，Shibor為3%。A投資者使用回購融資，B投資者不能使用回購，主要采用自有資金，資金成本是Shibor+50bps。在此情況下，A投資者的持有期損益=3.2%-2.9%=0.3%，持有債券可以帶來正的回報和現金流，對於B投資者來說，雖然沒有回購融資的現金流支出，但回報是負的，持有期收益率=3.2%-3.5%=-0.3%。