若套利者資金調度不當，可能迫使指數期貨套利部位提前解除，造成套利失敗。因此，投資組合的套利時要保留壹部分現金，以規避保證金追加的風險。
純粹套利者與準套利者***同競爭的風險:套利者可依據是否持有現貨指數區分為純粹套利者和準套利者兩種。準套利者本身已擁有現貨部位，當套利機會出現時，不用在市場上建立現貨頭寸，支付的套利成本較小。而純粹套利者則須在建立現貨部位上付出比較高的套利成本。因此，純粹套利者所面臨的價格區間相對於準套利者來說更寬。這樣，對於有準套利者參與的套利機會，純粹套利者處於不利地位，獲利難度較高。
流動性風險:套利者在買賣現貨時若遇到現貨漲停或跌停而無法當日買入或賣出時，則面臨延遲至第二個交易日交易的價格波動風險。當兩市流動性不壹致時，同樣的交易量會引起期、現價格變化程度不壹致。所以應密切關註兩市流動性差異以及控制倉位。
股利發放不確定性風險:指數期貨套利區間的計算中涉及到上市公司現金股息，但由於我國股市中股利發放時間不確定，因此在計算套利區間時必須考慮股息發放時間。
變動成本:沖擊成本和等待成本的準確估計比較困難，它不僅取決於套利資金量的大小，與交易當日市場流動性也有很大關系，變動成本的錯誤估計可能導致套利失敗。
跟蹤誤差:由於在用滬深300指數期貨合約套利時完全復制滬深300指數比較困難，而且復制成本較高。在用滬深300指數的替代現貨進行套利時，要註意兩者在套利期間出現較大偏離的可能，如果在套利期間兩者出現較大偏離就可能導致套利失敗。