1、費用不同：通過滬深交易所買賣國債，會雙向收費，即買或者賣都要收費，每個證券公司的收費略有不同，通過銀行交易的，每次交易都不收費，只有開戶費10元。
2、交易時間不同：在股市，是利用交易撮合系統，兩個交易者相互交易，跟股票是壹樣的，而在試點銀行櫃臺，是投資者和銀行之間進行交易，銀行起到做市商的作用，在規定的交易時間內妳隨時都可以買賣國債。
3、買賣方式不同：銀行鼓勵投資者長線持有，所以銀行每天報出的客戶買入價高於客戶賣出價，即當天用戶從銀行買進的價格，高於賣給銀行的價格，通過滬深交易所買賣國債，用戶需要有開壹個賬戶，可以開滬深股東賬戶，可以買賣兩市上市交易的股票、基金、公司債、國債等。
擴展資料：
國債註意事項：
1、投資電子式儲蓄國債開戶必須用實名制，不能找別人代辦，壹個姓名也只能開壹個國債賬戶。
2、新發行的記賬式國債通過全國的銀行間債券市場、證券交易所市場發行，全部進行競爭式招標，同時也是通過交易所系統進行交易，可以記名、掛失。
3、投資者在進行投資時，需要在證券交易所設立賬戶，由於記賬式國債的發行和交易都是無紙化的，所以效率高，成本也較低。
4、用戶在開立個人國債托管賬戶的同時，還應在同壹承辦銀行開立(或者指定)壹個人民幣結算賬戶(借記卡賬戶或者活期存折)作為國債賬戶的資金賬戶，用以結算兌付本金和利息。
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