(1)辦公室
負責綜合協調、文秘、宣傳、信訪、檔案、會議、接待、信息公開等工作。
(2)計劃統計部
負責住房公積金計劃、統計和資金調度，以及中心各部門的目標責任制定和考核。
(3)政策法規司
負責住房公積金政策法規的研究、制定和實施。
(4)合規管理辦公室
負責合規管理、內部控制、質量管理和法律事務管理。
(5)稅收和執法司
負責住房公積金的歸集、提取和行政執法管理。
(6)貸款管理辦公室
負責全市個人住房公積金貸款的發放、回收、逾期貸款催收、國債運作和項目貸款管理。
(7)資本會計事務所
負責市中心住房公積金和其他房改資金的分配、核算和管理。
(8)審計局
負責對中心、管理部、分中心住房公積金及其他房改資金的歸集、提取、使用、核算和管理進行審計。
(9)科技信息辦公室
負責中心計算機系統的設計、開發、使用、維護和管理，負責中心的科技工作和信息管理。
(10)財務部
負責中心管理經費的核算和財務管理。
(十壹)黨辦。
負責組織、宣傳、綜治、武裝、統戰、保密、黨務會議和文件管理、黨委等工作。
(12)紀檢組(監察室)
負責組織中心廉政建設工作，開展廉政教育，制定和完善各項廉政制度，監督檢查黨風廉政建設責任制的落實和職責履行情況。
(十三)人事教育司
負責中央事業單位崗位設置和人員編制核定、人員招聘、崗位聘用、教育培訓、專業技術崗位管理、考核、工資和社會保險核定、獎懲、人事爭議調解、人事檔案管理等工作。
(14)行政安全辦公室
負責中心安全、設備維護、固定資產等。
(十五)風險管理辦公室
負責風險管理研究、風險管理政策制定和實施。
(16)項目貸款辦公室
負責項目貸款操作規程和程序的制定和管理。