審計工作底稿三級審核制度是會計師事務所在審核工作底稿時建立的，由項目經理、部門經理、總會計師擔任審核人。目前廣泛采用的是逐級審核審計工作底稿。審計工作底稿三級審核體系主要包括項目經理審核；部門經理審核和總會計師審核等。
項目經理評審是三級評審體系的第壹級評審。項目經理審核是指項目經理對其助手的審核工作底稿進行詳細審核，認真核實所實施的審核程序是否按照審核計劃進行，檢查工作是否已完整記錄，數字計算和審核是否正確，所有未解決的問題和應註意的事項，以及對問題的理解和分析意見是否在審核工作底稿中得到充分反映。
部門經理評審是三級評審體系的第二級評審。在項目經理審查的基礎上，部門經理審查重要的審計事項、審計調整和審計意見，並檢查審計工作底稿是否編制妥當，審計結論是否獲得了充分的支持性信息，以及出具的審計報告是否符合審計準則的要求。
總會計師審核是三級審核體系的最後壹級。總會計師審核是在部門經理審核的基礎上，由會計師決定審計工作底稿中的重大事項和重要審計調整，以及前兩級審核未解決的問題。因此，總會計師的審核既是對項目經理和部門經理的二級審核監督，也是對整個審核工作質量的最終把關。