上海二套房首付比例是50％。
在上海市已擁有1套住房的、或在上海市無住房但有住房貸款記錄（包括商業性或公積金住房貸款記錄）的居民家庭申請商業性個人住房貸款，購買普通自住房的，首付款比例不低於50％；購買非普通自住房的，首付款比例不低於70％。
買二套房要註意要求賣方必須提供合法的產權證原件，同時還要到房管部門查看產權證真實性，及購買房屋的產權來源與記錄。包含業主、登記時間、價格等，要確認賣方產權的完整性，了解購房屋是否抵押，是否和他人進行合租等。
上海住房公積金貸款流程：
1、貸款人申請住房公積金貸款需到銀行提出書面申請，填寫住房公積金貸款申請表並如實提供所需要的資料。
2、對資料齊全的借款申請，銀行及時受理審查，並及時報送上海公積金中心；上海公積金中心負責審批貸款，並及時將審批結果通知銀行。
3、銀行按公積金中心審批的結果通知申請人辦理貸款手續，由借款人夫妻雙方與銀行簽訂借款合同及相關的合同或協議，並將借款合同等手續送公積金中心復核，公積金中心核準後即劃撥委貸基金，由受托銀行按借款合同的約定按時足額發放貸款。