由於《意見》對小額貸款公司的資金來源作出了嚴格的限制。《意見》規定：“小額貸款公司應接受社會監督，不得進行任何形式的非法集資。從事非法集資活動的，按照國務院有關規定，由省級人民政府負責處置。對於跨省份非法集資活動的處置，需要由處置非法集資部際聯席會議協調的，可由省級人民政府請求處置非法集資部際聯席會議協調處置。其他違反國家法律法規的行為，由當地主管部門依據有關法律法規實施處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《意見》還規定“小額貸款公司的資金來源堅持只貸不存”、“小額貸款公司的主要資金來源為股東繳納的資本金、捐贈資金，以及來自不超過兩個銀行業金融機構的融入資金。