2.財務結算方式不同:如果是自營進出口，外貿企業與國內工商企業發生商品購銷關系，盈虧由外貿企業承擔；如果是代理進出口，外貿企業與國內委托單位存在委托代理關系，進出口商品的盈虧由委托單位承擔，外貿企業只收取壹定比例的代理進出口費。
3.自營進出口的稅費與代理進出口不同:自營進出口業務的收入不征收營業稅，只對出口轉內銷取得的銷售收入征收營業稅。對外貿企業從事進出口業務取得的代理費收入，按“代理服務”征收營業稅，稅率為10%。代理進出口的解釋既包括外貿企業代理其他企事業單位，也包括外貿企業之間的相互代理。也就是說，外貿企業之間代理取得的代理費收入，也將按規定按照10%的稅率征收營業稅。
擴展數據:
自營出口處理的必要信息:
生產企業(企業集團)申報進出口權，應提供以下材料壹式十份，分送市經委六份、市外經貿委四份:
1、企業申請報告(包括:企業基本情況、產品出口、國際市場、自收自支條件、效益分析、發展目標)；
2、企業主管部門的審核意見；
3、批準成立企業集團和集團成員產品出口(適用於企業集團申報)；
4.企業法人營業執照復印件(由原登記機關簽署)；
5、申請企業簡介；
6、企業出口產品分類表；
7.企業進出口商品目錄；
8、以前年度的資產負債表和損益表；
9、企業前兩年出口貸款業績。
申報商業、物資企業進出口經營權，除上述材料外，還需提交補充報告:
1，企業進出口業務可行性報告；
2、企業前兩年的經營情況和進出口業績；
3.信用證明。
參考資料:
百度百科-代理出口
百度百科-自營出口