首套房和二套房利率差別較大，二套房利率高於首套房。就公積金貸款而言，二套房貸款利率比首套住房公積金貸款基準利率上浮10%。
2.配額差異
銀行在審批住房貸款時必須嚴格控制風險因素，所以二套房的貸款額度會比首套房低很多。打算買二套房的朋友壹定要註意這個問題。首套房借款人最高可以貸到購房款的70%，首付30%。公積金貸款低首付可達20%，但二套房借款人最多只能貸40%，首付40%。具體的貸款額度也和借款人的資質有關。
3、貸款的難度差異
壹般來說，買首套房申請貸款的時候，只要征信和收入沒有問題，申請的通過率還是挺高的。但是對於二套房來說，貸款的難度要比首套房大很多，尤其是資金緊張的時候，那麽二套房的貸款往往很難申請。
可以申請兩次公積金貸款。如果首套房使用公積金貸款且未結清，那麽二套房就不能使用公積金貸款。需要結清貸款才能使用公積金貸款，否則第二套只能使用商業貸款。