DNA甲基化的主要形式是5-甲基胞嘧啶、N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。
真核細胞中有兩種甲基化酶活性:
每日甲基轉移酶:對半甲基化的DNA有很高的親和力和特異性。
從頭甲基轉移酶:不需要母鏈的指導，但是很慢。
DNA甲基化抑制基因轉錄的機制:
DNA甲基化導致DNA在某些區域的構象發生變化，從而影響蛋白質與DNA的相互作用，抑制啟動子區域轉錄因子與DNA的結合效率。