1、發放對象區別：支農再貸款的發放對象為農村商業銀行、農村合作銀行、農村信用社和村鎮銀行，主要面向農村地區的金融機構。支小再貸款的發放對象包括城市商業銀行、農村商業銀行、農村合作銀行、村鎮銀行和民營銀行，主要面向小微、民營企業。
2、作用區別：支農再貸款的主要作用是引導金融機構擴大涉農信貸投放，降低農業、農村和農民的融資成本，促進農村經濟發展和農民增收。支小再貸款的主要作用是引導金融機構擴大小微、民營企業的貸款投放，降低它們的融資成本，促進小微、民營企業的發展和就業。