這種現實的尷尬帶來了壹系列嚴重的問題。農業部專家披露，由於農村集體資產歸屬不清、管理不嚴而導致貪腐、資產荒廢、閑置等問題當下相當嚴峻。讓農民成為村集體的“股東”，使他們名義上的產權實體化，解決長期以來農村集體資產不明晰、所有權被虛置等問題，這無疑是啟動農村集體資產“股改”的壹大動力。
而如果從積極的壹面思考，農村集體資產“股改”還有諸多利好。壹旦確權完成，農民可以動用股權進行抵押貸款、流轉交易，從而增加農民的財產性收入。尤其重要的是，作為“股東”的農民能夠沒有後顧之憂地持股進城，這對城市化進程將起到極大的促進作用。輿論把農村集體資產“股改”稱為繼家庭聯產承包責任制、鄉村集體企業改制
後的農村經濟體制改革第三次重大突破，良有以也。
改革就是利益的再調整，本輪農村“股改”利益牽涉之深廣，從壹些試點地區人頭攢動辦理戶口以爭取成為股東的場面中即可見出。可以想象，壹些特殊人員如“外嫁女”、“回遷人員”等的股東資格確認將成為工作中的難點，“股改”後如何運作則是人們關註的最大熱點。
針對這些熱點和難點，首先需要透明、公開、妥善地處理各種利益訴求，其次則應該建立董事會、監事會等行之有效的現代治理結構。壹言以蔽之，農民既然成為了股東，那麽是否尊重股東權益顯然就是判斷“股改”成功還是失敗的關鍵。而農民如何利用“股改”機遇，直接或間接參與村集體資產的經營管理，推動村集體及個人資產增值，則是壹個需要長期面對的課題。