基金實行分級管理，獨立核算，有償使用。環境保護部在銀行開立“汙染源治理專項資金賬戶”(以下簡稱“專項資金賬戶”)，存入專項賬戶，委托銀行辦理專項資金貸款(以下簡稱“貸款”)。
環保部門委托銀行辦理存貸款業務，應按中國人民銀行的有關規定辦理。第三條市環保局是對資金使用進行統壹監督管理的主管部門。第四條本辦法適用於本市行政區域。第二章資金來源和使用條件第五條資金來源於下列資金:
(壹)按照國務院《征收排汙費暫行辦法》，超標排汙費用於補貼重點排汙單位治理汙染源；
(二)按照《山東省征收排汙費實施辦法》，排汙費用於補貼重點排汙單位治理汙染源；
(三)按照《青島市環境噪聲管理條例》的規定，環境噪聲汙染費用於補貼重點排汙單位治理汙染源；
(四)貸款利息收入和罰息利息收入；
(五)其他資金。第六條專項基金貸款用於企事業單位繳納排汙費。第七條基金的使用範圍是:
(壹)各級人民政府確定的重點汙染源治理項目；
(二)公眾反映強烈、嚴重擾民的汙染源治理項目；
(3)“三廢”綜合利用項目；
(四)對解決區域性或行業性汙染具有典型意義的汙染源治理項目或示範項目；
(五)為解決汙染，實施合並、遷移或搬遷的企業的汙染源治理設施；
(六)技術改造項目中的汙染源治理項目；
(七)汙染源治理研究項目。第八條符合下列條件的企事業單位可以向環境保護部申請使用專項資金貸款:
(壹)按照規定繳納排汙費；
(2)汙染源治理項目已通過可行性研究。切實可行並經相關部門批準；
(3)自籌資金占投資總額的30%以上；
(4)具有償還貸款的能力，並有主管部門或具有償還能力的法人機構擔保。第九條符合本辦法第八條規定條件的企業事業單位，其汙染源治理項目有下列情形之壹的，應當優先貸款:
(壹)各級人民政府確定的限期治理；
(二)汙染嚴重，急需治理的；
(三)位於居民區、文教區、水源保護區、風景名勝區、療養區的；
(4)自籌資金占總投資的60%以上；
(五)建設周期短，見效快，經濟效益和環境效益顯著。第三章貸款程序第十條申請貸款的企業事業單位(以下簡稱貸款單位)應當於每年11月底前向環境保護部門報送下壹年度的汙染源治理計劃。
(壹)市南區、市北區、臺東區、四方區、滄口區的貸款單位按下列程序分別報送汙染治理計劃:
1.中央和省屬貸款單位，報市環保部門；
2 .市級貸款單位，經主管部門審核匯總後，報市環保部門；
3.區級以下的貸款單位，由區環保部門審核匯總後，由主管部門報市環保部門。
(二)各縣(市)和嶗山區、黃島區貸款單位分別按以下程序報送汙染治理計劃:
1.中央、省屬、市屬單位向縣(市)、區環保部門申報；
2 .縣(市)區屬以下貸款單位，由主管部門審核匯總後，報送縣(市)區環保部門。第十壹條貸款單位根據報送的年度汙染治理計劃，在每年2月、7月和9月，將汙染治理項目計劃及相關文件、還款計劃和措施，分別按本辦法第十條的程序進行審批。
市級以下貸款單位的汙染源治理項目方案由主管部門進行審查論證，主導意見報送環保部門。第十二條環保部門對上報的汙染源治理計劃、治理方案、還款計劃和措施進行審核後，會同計劃、財政等相關部門進行綜合平衡，根據年度投資計劃下達“汙染源治理專項資金有償使用計劃”。根據計劃，財政部門將按季度將匯繳入庫的排汙費撥付到“專項資金賬戶”。
各縣(市)、嶗山區、黃島區環境保護部門應當在發布後壹個月內，報市環境保護部門備案。