1，購買申請程序不同。
投資者可以直接用現金購買憑證式國債，而投資者購買電子式國債需要開立國債賬戶並指定相應的資金賬戶。
2.利息支付方式不同。
憑證式國債壹次性還本付息，電子式國債付息方式多種多樣，包括按年付息和還本付息。
3.不同的分配目標
憑證式國債主要面向個人發行，機構也可以認購；電子記賬憑證只發給個人，機構不得購買或持有。
4、由於支付方式不同。
在債務利息支付方面，投資者需在紙質憑證式國債到期後到承銷機構網點進行支付，到期後不加計利息。但國債電子記賬式到期後，用戶可通過網銀中的“國債兌付”完成兌付，到期後不加利息。
憑證式國債與電子式儲蓄國債的區別；
1.電子式儲蓄國債不同於以往的憑證式國債。它通過電子簿記記錄投資者購買了多少國債，它需要開立國債托管賬戶。通過電子記賬的方式記錄債權，免去了投資者保管紙質債權憑證的麻煩，更有保障。
2.本期國債雖然不能流通轉讓，但如果持有半年以上，可以提前贖回、質押貸款、非交易轉讓。客戶購買儲蓄債券，就相當於獲得了壹個絕佳的融資工具。當他們需要小額貸款時，他們可以用儲蓄債券作為抵押，向原購買銀行質押貸款。
3.電子式儲蓄國債是以電子方式記錄債權的儲蓄國債品種。與傳統儲蓄國債相比，電子儲蓄國債品種更多、購買更方便、利率更靈活。
4.由於其不可交易性，決定了任何時候都不會有資本收益。這和現有的憑證式國債壹樣，主要是鼓勵投資者到期持有。
5.憑證式國債是指國家以填開國庫券收據的方式發行的國債，而不是印制實物債券。是以國債收款憑證的形式作為債權憑證，不能上市轉讓，自購買之日起計息。
6.持有期間，持有人如遇特殊情況需要提取現金，可提前到購買網點贖回。提前贖回時，除償還本金外，按實際持有天數和相應利率檔次計算利息，經辦機構收取本金2‰的手續費。