1、互助社是否該申請金融許可證，在理論界和壹些農村資金互助組織實踐者之間都有爭議。對於農村資金互助社來說，有了金融許可證有著多重意義。其壹，金融許可證相當於壹個“準生證”或者說是“身份證”，有了它，擁有了合法身份，開展金融活動就會受到法律保護。二是可以享受國家的扶持政策。作為支農的農村金融機構，可以享受壹些國家優惠政策，三是可以合法地開展業務。這有兩層含義，壹是依法開展的業務受法律保護；二是開展的壹些業務合法。
2、農村合作基金會與資金互助社區別，在組織性質上，農村基金會是官辦性質的金融機構，而農村資金互助社則是以農民為主體的社區性信用合作組織。從組織經營方面看，農村合作基金會以突出政府政績為最高目標，農村資金互助社以服務社員為宗旨。並且，在其經營管理、信貸風險、風險擴散程度與客戶關系等方面也有根本性的差別。
3、農村金融體系建設：加大政策性金融對農村改革發展重點領域和薄弱環節支持力度，拓展農業發展銀行支農領域，大力開展農業開發和農村基礎設施建設中長期政策性信貸業務。農業銀行、農村信用社、郵政儲蓄銀行等銀行業金融機構都要進壹步增加涉農信貸投放。積極推廣農村小額信用貸款。加快培育村鎮銀行、貸款公司、農村資金互助社，有序發展小額貸款組織，引導社會資金投資設立適應“三農”需要的各類新型金融組織。抓緊制定對偏遠地區新設農村金融機構費用補貼等辦法，確保3年內消除基礎金融服務空白鄉鎮。針對農業農村特點，創新金融產品和服務方式，搞好農村信用環境建設，加強和改進農村金融監管。建立農業產業發展基金。